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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x7a | ||||||
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タイトル | Treprostinil bound Prostacyclin Receptor G protein complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Agonist / Complex / lipid receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostacyclin receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade ...prostacyclin receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / cell-cell signaling / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J.J. / Jin, S. / Zhang, H. / Xu, Y. / Hu, W. / Jiang, Y. / Chen, C. / Wang, D.W. / Xu, H.E. / Wu, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Molecular recognition and activation of the prostacyclin receptor by anti-pulmonary arterial hypertension drugs. 著者: James Jiqi Wang / Sanshan Jin / Heng Zhang / Youwei Xu / Wen Hu / Yi Jiang / Chen Chen / Dao Wen Wang / H Eric Xu / Canrong Wu / 要旨: The prostacyclin (PGI) receptor (IP) is a G-coupled receptor associated with blood pressure regulation, allergy, and inflammatory response. It is a main therapeutic target for pulmonary arterial ...The prostacyclin (PGI) receptor (IP) is a G-coupled receptor associated with blood pressure regulation, allergy, and inflammatory response. It is a main therapeutic target for pulmonary arterial hypertension (PAH) and several other diseases. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human IP-G complex bound with two anti-PAH drugs, treprostinil and MRE-269 (active form of selexipag), at global resolutions of 2.56 and 2.41 angstrom, respectively. These structures revealed distinct features governing IP ligand binding, receptor activation, and G protein coupling. Moreover, comparison of the activated IP structures uncovered the mechanism and key residues that determine the superior selectivity of MRE-269 over treprostinil. Combined with molecular docking and functional studies, our structures provide insight into agonist selectivity, ligand recognition, receptor activation, and G protein coupling. Our results provide a structural template for further improving IP-targeting drugs to reduce off-target activation of prostanoid receptors and adverse effects. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x7a.cif.gz | 340.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8x7a.ent.gz | 274.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x7a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8x7a_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8x7a_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8x7a_validation.xml.gz | 40.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8x7a_validation.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/8x7a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38096MC 8x79C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG
#1: タンパク質 | 分子量: 29068.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A590UJY2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38613.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62873 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P59768 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 NR
#4: タンパク質 | 分子量: 14714.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#5: タンパク質 | 分子量: 40989.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGIR, PRIPR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43119 |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#6: 化合物 | ChemComp-Y9J / 分子量: 390.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: IP-Gs complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #5, #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 257594 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |