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万見
- PDB-8wi9: Cryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 30S ribosomal subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wi9
タイトルCryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 30S ribosomal subunit (body 2) of 70S ribosome, bS1 and RafH.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 21
  • 16S rRNA
  • 50S ribosomal protein L31
  • Ribosome hibernation promotion factor RafH
キーワードRIBOSOME / protein synthesis / Mycobacterium smegmatis / hibernation promotion factor / HPF / RafH / hypoxia stress / Cryo- EM / Single particle reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / small ribosomal subunit rRNA binding / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...nucleotidyltransferase activity / small ribosomal subunit rRNA binding / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S1-like / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal ...: / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S1-like / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein L31 type A / S1 domain / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Conserved domain protein / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Conserved domain protein / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS1 / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS18B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kumar, N. / Sharma, S. / Kaushal, P.S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo- EM structure of the mycobacterial 70S ribosome in complex with ribosome hibernation promotion factor RafH.
著者: Niraj Kumar / Shivani Sharma / Prem S Kaushal /
要旨: Ribosome hibernation is a key survival strategy bacteria adopt under environmental stress, where a protein, hibernation promotion factor (HPF), transitorily inactivates the ribosome. Mycobacterium ...Ribosome hibernation is a key survival strategy bacteria adopt under environmental stress, where a protein, hibernation promotion factor (HPF), transitorily inactivates the ribosome. Mycobacterium tuberculosis encounters hypoxia (low oxygen) as a major stress in the host macrophages, and upregulates the expression of RafH protein, which is crucial for its survival. The RafH, a dual domain HPF, an orthologue of bacterial long HPF (HPF), hibernates ribosome in 70S monosome form, whereas in other bacteria, the HPF induces 70S ribosome dimerization and hibernates its ribosome in 100S disome form. Here, we report the cryo- EM structure of M. smegmatis, a close homolog of M. tuberculosis, 70S ribosome in complex with the RafH factor at an overall 2.8 Å resolution. The N- terminus domain (NTD) of RafH binds to the decoding center, similarly to HPF NTD. In contrast, the C- terminus domain (CTD) of RafH, which is larger than the HPF CTD, binds to a distinct site at the platform binding center of the ribosomal small subunit. The two domain-connecting linker regions, which remain mostly disordered in earlier reported HPF structures, interact mainly with the anti-Shine Dalgarno sequence of the 16S rRNA.
履歴
登録2023年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: 16S rRNA
b: 30S ribosomal protein bS1
v: 30S ribosomal protein S22
d: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14A
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18B
t: 30S ribosomal protein S19
u: 30S ribosomal protein S20
c: 30S ribosomal protein S2
x: 50S ribosomal protein L31
w: Ribosome hibernation promotion factor RafH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)879,22024
ポリマ－879,22024
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
30S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 bvdefghijklmnopqrstuc

#2: タンパク質 30S ribosomal protein bS1


分子量: 53383.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QYY6
#3: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S22


分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QR10
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD7
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL7
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 21946.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG6
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0A8B4QKV6
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS97
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14492.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSP9
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD0
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL6
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS96
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL5
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S14A


分子量: 6976.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG2
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10368.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVQ3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QV37
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSE0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S18B


分子量: 9524.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7F7
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD5
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R102
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 30145.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVB8

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 3種, 3分子 axw

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 495373.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627
#23: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31 / 50S ribosomal protein L31


分子量: 1342.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R215
#24: タンパク質 Ribosome hibernation promotion factor RafH


分子量: 29898.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_3935 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0QZ86

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
170S ribosome + RafH proteinRIBOSOMEall0MULTIPLE SOURCES
270S ribosomeRIBOSOME#1-#231NATURAL
3RafHCOMPLEX#241RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C41(DE3) / プラスミド: pET28a(+)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / アライメント法: NONE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 1.34 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 12343

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1.4CTF補正
10RELION3.1.4初期オイラー角割当
11RELION3.1.4最終オイラー角割当
12RELION分類
CTF補正詳細: CTF correction in RELION 3.1.4 / タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1202461
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 110934 / 詳細: Ad-hoc low pass filter 3.5 Angstrom / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8WHX

8whx


Accession code: 8WHX / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00358944
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55487132
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.23421352
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03410975
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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