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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w9p | ||||||
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タイトル | Structure of full Banna virus | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / reovirus / complex / capsid protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Banna virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Z. / Cao, S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of Banna virus in multiple states reveal stepwise detachment of viral spikes. 著者: Zhiqiang Li / Han Xia / Guibo Rao / Yan Fu / Tingting Chong / Kexing Tian / Zhiming Yuan / Sheng Cao / 要旨: Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions- ...Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions-surrounded by 120 spikes (full virions), 60 spikes (partial virions), or no spikes (cores). BAV cores are double-layered particles similar to the cores of other non-turreted reoviruses, except for an additional protein component in the outer capsid shell, VP10. VP10 was identified to be a cementing protein that plays a pivotal role in the assembly of BAV virions by directly interacting with VP2 (inner capsid), VP8 (outer capsid), and VP4 (spike). Viral spikes (VP4/VP9 heterohexamers) are situated on top of VP10 molecules in full or partial virions. Asymmetrical electrostatic interactions between VP10 monomers and VP4 trimers are disrupted by high pH treatment, which is thus a simple way to produce BAV cores. Low pH treatment of BAV virions removes only the flexible receptor binding protein VP9 and triggers significant conformational changes in the membrane penetration protein VP4. BAV virions adopt distinct spatial organization of their surface proteins compared with other well-studied reoviruses, suggesting that BAV may have a unique mechanism of penetration of cellular endomembranes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w9p.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w9p.ent.gz | 1.5 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w9p_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8w9p_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8w9p_validation.xml.gz | 225.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w9p_validation.cif.gz | 350.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w9p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37378MC 8k42C 8k43C 8k44C 8k49C 8k4aC 8w9qC 8w9rC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108031.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OR004519 / 由来: (天然) Banna virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9INH3 #2: タンパク質 | 分子量: 32786.176 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OR004525 / 由来: (天然) Banna virus (ウイルス) / 参照: UniProt: W0G587 #3: タンパク質 | 分子量: 28655.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OR004527 / 由来: (天然) Banna virus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A2H4QDD3 #4: タンパク質 | 分子量: 69767.500 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OR004521 / 由来: (天然) Banna virus (ウイルス) / 参照: UniProt: B4Y048 #5: タンパク質 | 分子量: 30581.178 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OR004526 / 由来: (天然) Banna virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9YWN5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Banna virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Banna virus (ウイルス) / 株: YN15-126-01 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34342 / 対称性のタイプ: POINT |