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- PDB-8vvc: Cryo-EM structure of human ABC transporter (hABCC1) with nucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vvc
タイトルCryo-EM structure of human ABC transporter (hABCC1) with nucleotide-binding domain 2
要素Multidrug resistance-associated protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cGAMP exporter / multidrug-resistant protein / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled carboxylic acid transmembrane transporter activity / pigment accumulation / antigen processing and presentation of lipid antigen via MHC class Ib / sphingolipid translocation / intracellular nitrogen homeostasis / granuloma formation / ABC-type vitamin B12 transporter activity / Transport of RCbl within the body / cyclic nucleotide transport / NK T cell activation ...ATPase-coupled carboxylic acid transmembrane transporter activity / pigment accumulation / antigen processing and presentation of lipid antigen via MHC class Ib / sphingolipid translocation / intracellular nitrogen homeostasis / granuloma formation / ABC-type vitamin B12 transporter activity / Transport of RCbl within the body / cyclic nucleotide transport / NK T cell activation / bilirubin transmembrane transporter activity / neural tissue regeneration / amygdala development / cobalamin transport / sphingolipid intramembrane carrier activity / lymphocyte migration / glutathione transmembrane transport / endothelium development / carboxylic acid transmembrane transport / leukotriene transport / glucocorticoid metabolic process / glutathione transmembrane transporter activity / leukotriene metabolic process / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / carboxylic acid transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / : / macrophage activation / tissue homeostasis / heme catabolic process / xenobiotic transport across blood-brain barrier / response to fluid shear stress / endothelial cell apoptotic process / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / leukotriene biosynthetic process / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / inflammatory response to antigenic stimulus / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / transepithelial transport / ABC-type xenobiotic transporter / hydrogen peroxide biosynthetic process / protein localization to cell surface / superoxide anion generation / Heme degradation / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / exploration behavior / amyloid-beta clearance / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / lateral plasma membrane / amyloid-beta metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / ABC-type transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / neurogenesis / cell redox homeostasis / establishment of localization in cell / response to glucocorticoid / basal plasma membrane / blood vessel diameter maintenance / cell chemotaxis / hippocampus development / glutathione metabolic process / regulation of membrane potential / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-family protein mediated transport / cellular response to type II interferon / transmembrane transport / response to toxic substance / multicellular organism growth / cellular response to amyloid-beta / memory / positive regulation of inflammatory response / cellular response to oxidative stress / gene expression / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Shinde, O. / Li, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Welch FoundationA-2107 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145287 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structures of ATP-binding cassette transporter ABCC1 reveal the molecular basis of cyclic dinucleotide cGAMP export.
著者: Omkar Shinde / Joshua A Boyer / Stephanie Cambier / Jordyn J VanPortfliet / Xuewu Sui / Gaya P Yadav / Elizabeth G Viverette / Mario J Borgnia / A Phillip West / Qi Zhang / Daniel B Stetson / Pingwei Li /
要旨: Cyclic nucleotide GMP-AMP (cGAMP) plays a critical role in mediating the innate immune response through the cyclic GMP-AMP synthase (cGAS)-stimulator of interferon genes (STING) pathway. Recent ...Cyclic nucleotide GMP-AMP (cGAMP) plays a critical role in mediating the innate immune response through the cyclic GMP-AMP synthase (cGAS)-stimulator of interferon genes (STING) pathway. Recent studies showed that ATP-binding cassette subfamily C member 1 (ABCC1) is a cGAMP exporter. The exported cGAMP can be imported into uninfected cells to stimulate a STING-mediated innate immune response. However, the molecular basis of cGAMP export mediated by ABCC1 remains unclear. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human ABCC1 in a ligand-free state and a cGAMP-bound state. These structures reveal that ABCC1 forms a homodimer via its N-terminal transmembrane domain. The ligand-bound structure shows that cGAMP is recognized by a positively charged pocket. Mutagenesis and functional studies confirmed the roles of the ligand-binding pocket in cGAMP recognition and export. This study provides insights into the structure and function of ABCC1 as a cGAMP exporter and lays a foundation for future research targeting ABCC1 in infection and anti-cancer immunity.
履歴
登録2024年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,7631
ポリマ－171,7631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance-associated protein 1 / ATP-binding cassette sub-family C member 1 / Glutathione-S-conjugate-translocating ATPase ABCC1 / ...ATP-binding cassette sub-family C member 1 / Glutathione-S-conjugate-translocating ATPase ABCC1 / Leukotriene C(4) transporter / LTC4 transporter


分子量: 171762.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCC1, MRP, MRP1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P33527, ABC-type xenobiotic transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human ABC transporter (hABCC1) with nucleotide-binding domain 2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.199 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClTris-HCl1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
32 mMMagnesium chlorideMgCl21
40.1 mMCyclic guanosine monophosphate adenosine monophosphateC20H24N10O13P21
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128244 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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