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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uu4 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Listeria innocua 70S ribosome in complex with HPF (structure I-A) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / cryo-EM / recycling / HPF / time-resolved | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Listeria innocua (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Seely, S.M. / Basu, R.S. / Gagnon, M.G. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Mechanistic insights into the alternative ribosome recycling by HflXr. 著者: Savannah M Seely / Ritwika S Basu / Matthieu G Gagnon / 要旨: During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue ...During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue factors such as HflXr, a homolog of the conserved housekeeping GTPase HflX that catalyzes the dissociation of translationally inactive ribosomes into individual subunits. Here we use time-resolved cryo-electron microscopy to elucidate the mechanism of ribosome recycling by Listeria monocytogenes HflXr. Within the 70S ribosome, HflXr displaces helix H69 of the 50S subunit and induces long-range movements of the platform domain of the 30S subunit, disrupting inter-subunit bridges B2b, B2c, B4, B7a and B7b. Our findings unveil a unique ribosome recycling strategy by HflXr which is distinct from that mediated by RRF and EF-G. The resemblance between HflXr and housekeeping HflX suggests that the alternative ribosome recycling mechanism reported here is universal in the prokaryotic kingdom. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uu4.cif.gz | 3.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uu4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8uu4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uu4_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8uu4_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uu4_validation.xml.gz | 188.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uu4_validation.cif.gz | 342.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/8uu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/8uu4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42554MC 8uu5C 8uu6C 8uu7C 8uu8C 8uu9C 8uuaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB
#1: RNA鎖 | 分子量: 501949.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: GenBank: 2027972510 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 951061.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: GenBank: 2288068686 |
#23: RNA鎖 | 分子量: 37304.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: GenBank: 1774324476 |
-Small ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#2: タンパク質 | 分子量: 28359.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A6B0JGP5 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 24587.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSU9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 22716.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A6B0JGH8 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17516.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSJ3 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11512.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A7X0WKH5 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17848.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JPE1 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14667.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5A6U3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14473.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ADS9 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11703.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5A730 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13812.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AP31 |
#12: タンパク質 | 分子量: 15216.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JM56 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13738.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ARJ0 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7164.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AGZ1 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10656.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JLK4 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10404.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A6B0JQE1 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10057.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ADR4 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9119.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JK14 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10498.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSH5 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9189.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JML5 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 w
#21: タンパク質 | 分子量: 21664.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JMK7 |
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+Large ribosomal subunit protein ... , 27種, 27分子 CDEFGLMNOPQRSTUVWYZ12345678
-非ポリマー , 3種, 586分子
#51: 化合物 | ChemComp-MG / #52: 化合物 | ChemComp-ZN / #53: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Listeria innocua 70S ribosome bound to HPF / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#50 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Listeria innocua (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7572 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 303270 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7NHN Accession code: 7NHN / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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