+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uoa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the synaptic vesicle protein 2A Luminal domain in complex with a nanobody | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Synaptic vesicle / SLC22 / Inhibitor / Nanobody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle priming / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / GABA-ergic synapse / neuromuscular junction ...regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle priming / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / GABA-ergic synapse / neuromuscular junction / intracellular calcium ion homeostasis / synaptic vesicle membrane / cell-cell junction / synaptic vesicle / neuron projection / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mittal, A. / Martin, M.F. / Levin, E. / Adams, C. / Yang, M. / Ledecq, M. / Horanyi, P.S. / Coleman, J.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structures of synaptic vesicle protein 2A and 2B bound to anticonvulsants. 著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / ...著者: Anshumali Mittal / Matthew F Martin / Elena J Levin / Christopher Adams / Meng Yang / Laurent Provins / Adrian Hall / Martin Procter / Marie Ledecq / Alexander Hillisch / Christian Wolff / Michel Gillard / Peter S Horanyi / Jonathan A Coleman / 要旨: Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane ...Epilepsy is a common neurological disorder characterized by abnormal activity of neuronal networks, leading to seizures. The racetam class of anti-seizure medications bind specifically to a membrane protein found in the synaptic vesicles of neurons called synaptic vesicle protein 2 (SV2) A (SV2A). SV2A belongs to an orphan subfamily of the solute carrier 22 organic ion transporter family that also includes SV2B and SV2C. The molecular basis for how anti-seizure medications act on SV2s remains unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of SV2A and SV2B captured in a luminal-occluded conformation complexed with anticonvulsant ligands. The conformation bound by anticonvulsants resembles an inhibited transporter with closed luminal and intracellular gates. Anticonvulsants bind to a highly conserved central site in SV2s. These structures provide blueprints for future drug design and will facilitate future investigations into the biological function of SV2s. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uoa.cif.gz | 66 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8uoa.ent.gz | 36.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uoa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8uoa_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8uoa_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8uoa_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8uoa_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uoa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42432MC 8uo8C 8uo9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75589.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SV2A / 細胞株 (発現宿主): tsA201 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L0J3 | ||
---|---|---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 15469.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 多糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Luminal domain with nanobody / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 値: 27 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞: BL21-DE3 |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 8.0, 0.02 mM LMNG, 0.020 mM CHS, 0.050mM GDN, and 1 micromolar of UCB-2500 |
試料 | 濃度: 4.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 77160 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 631098 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: AF-Q7L0J3-F1 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |