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- PDB-8umc: Deinococcus aerius TR0125 C-glucosyl deglycosidase (CGD), cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8umc
タイトルDeinococcus aerius TR0125 C-glucosyl deglycosidase (CGD), cryo-EM
要素
  • DUF6379 domain-containing protein
  • Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
キーワードLYASE / bacterial C-glucosyl deglycosidase / C-C bond cleavage / C-glucosyl aromatic polyketides / C-glucosyl flavonoids / Deinococcus aerius / soil bacterium / N-terminal DUF6379 beta-sandwich domain / C-terminal TIM-barrel domain / alpha2beta2 heterotetramer
機能・相同性Domain of unknown function DUF6379 / Domain of unknown function (DUF6379) / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / : / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein / DUF6379 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Deinococcus aerius (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Furlanetto, V. / Kalyani, D.C. / Kostelac, A. / Haltrich, D. / Hallberg, B.M. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, オーストリア, 5件
組織認可番号国
Other governmentFormas 2017-00983 スウェーデン
Other governmentVR 2017-03877 スウェーデン
Other privateOscar and Lili Lamm Memorial Foundation DO2017-0020 スウェーデン
Austrian Science FundFWF P33545 オーストリア
Austrian Science FundFWF W1224 オーストリア
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Gene Cluster Responsible for Deglycosylation of C-glucosyl Flavonoids and Xanthonoids by Deinococcus aerius.
著者: Valentina Furlanetto / Dayanand C Kalyani / Anja Kostelac / Jolanta Puc / Dietmar Haltrich / B Martin Hällberg / Christina Divne /
要旨: Plant C-glycosylated aromatic polyketides are important for plant and animal health. These are specialized metabolites that perform functions both within the plant, and in interaction with soil or ...Plant C-glycosylated aromatic polyketides are important for plant and animal health. These are specialized metabolites that perform functions both within the plant, and in interaction with soil or intestinal microbes. Despite the importance of these plant compounds, there is still limited knowledge of how they are metabolized. The Gram-positive aerobic soil bacterium Deinococcus aerius strain TR0125 and other Deinococcus species thrive in a wide range of harsh environments. In this work, we identified a C-glycoside deglycosylation gene cluster in the genome of D. aerius. The cluster includes three genes coding for a GMC-type oxidoreductase (DaCGO1) that oxidizes the glucosyl C3 position in aromatic C-glucosyl compounds, which in turn provides the substrate for the C-glycoside deglycosidase (DaCGD; composed of α+β subunits) that cleaves the glucosyl-aglycone C-C bond. Our results from size-exclusion chromatography, single particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography show that DaCGD is an αβ heterotetramer, which represents a novel oligomeric state among bacterial CGDs. Importantly, the high-resolution X-ray structure of DaCGD provides valuable insights into the activation of the catalytic hydroxide ion by Lys261. DaCGO1 is specific for the 6-C-glucosyl flavones isovitexin, isoorientin and the 2-C-glucosyl xanthonoid mangiferin, and the subsequent C-C-bond cleavage by DaCGD generated apigenin, luteolin and norathyriol, respectively. Of the substrates tested, isovitexin was the preferred substrate (DaCGO1, K 0.047 mM, k 51 min; DaCGO1/DaCGD, K 0.083 mM, k 0.42 min).
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
B: DUF6379 domain-containing protein
C: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
D: DUF6379 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7306
ポリマ－108,6204
非ポリマー1102
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration, X-ray crystallography, cryo-EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein


分子量: 40554.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125 / 遺伝子: DAERI_200053 / プラスミド: pNIC-CTHO / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)-T1 / 参照: UniProt: A0A2I9DAN1
#2: タンパク質 DUF6379 domain-containing protein


分子量: 13755.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125 / 遺伝子: DAERI_200052 / プラスミド: 2A-T / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)-T1 / 参照: UniProt: A0A2I9E2I0
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C-glucosyl deglycosidase, alpha subunit / タイプ: COMPLEX
詳細: The complex contains two alpha subunits and two beta subunits that form an alpha2beta2 heteroteramer
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Deinococcus aerius (バクテリア) / 株: TR0125
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli B (大腸菌) / 株: (DE3)-T1
プラスミド: pNIC-CTHO (alpha subunit), 2A-T (beta subunit)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: Data collected at the Karolinska Institutet 3D-EM facility
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 20 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2153
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp0.9粒子像選択
2EPU3.2画像取得
4cryoSPARC4.3.1CTF補正
11cryoSPARC4.3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.3.1分類
13cryoSPARC4.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 335185
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101068 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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