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- PDB-8u4s: Structure of trimeric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u4s
タイトルStructure of trimeric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 4
  • REGN7663 Fab heavy chain
  • REGN7663 Fab light chain
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / chemokine receptor / trimer / oligomer / antibody / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / positive regulation of vasculature development / regulation of programmed cell death / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / : / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / cell leading edge / epithelial cell development / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of calcium ion transport / small molecule binding / Binding and entry of HIV virion / regulation of cell adhesion / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cardiac muscle contraction / neurogenesis / cell chemotaxis / ubiquitin binding / response to activity / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / neuron migration / response to virus / brain development / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome / virus receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / lysosome / early endosome / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-D21 / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Saotome, K. / McGoldrick, L.L. / Franklin, M.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structural insights into CXCR4 modulation and oligomerization
著者: Saotome, K. / McGoldrick, L.L. / Ho, J. / Ramlall, T. / Shah, S. / Moore, M.J. / Kim, J.H. / Leidich, R. / Olson, W.C. / Franklin, M.C.
履歴
登録2023年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: REGN7663 Fab light chain
H: REGN7663 Fab heavy chain
R: C-X-C chemokine receptor type 4
A: REGN7663 Fab light chain
B: REGN7663 Fab heavy chain
C: C-X-C chemokine receptor type 4
E: REGN7663 Fab light chain
F: REGN7663 Fab heavy chain
G: C-X-C chemokine receptor type 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,49318
ポリマ－363,1489
非ポリマー4,3459
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "L"
d_3ens_1chain "E"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "F"
d_3ens_2chain "H"
d_1ens_3chain "R"
d_2ens_3chain "C"
d_3ens_3chain "G"
d_1ens_4chain "I"
d_2ens_4chain "D"
d_3ens_4chain "S"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPASPGLUGLUAD1 - 1101 - 110
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d_21ens_2GLNGLNSERSERFH1 - 1251 - 125
d_31ens_2GLNGLNSERSERHB1 - 1251 - 125
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d_21ens_3METMETALAALACF24 - 30742 - 325
d_31ens_3METMETALAALAGI24 - 30742 - 325
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.500089681729, 0.865973602086, 0.000175264603467), (-0.865973567085, -0.500089570399, -0.000450208686369), (-0.000302220837572, -0.000376919232526, 0.999999883297)96.9829166625, 362.093706187, 0.103103272211
2given(-0.50001311276, -0.866017811069, -0.000194880693062), (0.866017818651, -0.500013132777, 6.94959491658E-5), (-0.000157627635631, -0.000134021266836, 0.999999978596)362.046244244, 96.9928596336, 0.0428190976875
3given(-0.499980592175, -0.866036608606, -1.30420589439E-6), (0.866036608606, -0.499980592171, -2.49411027824E-6), (1.50791317146E-6, -2.37649678356E-6, 0.999999999996)362.010952705, 96.9976118942, 0.000168654782442
4given(-0.500009042613, 0.866020182962, 2.96677084403E-6), (-0.866020182965, -0.500009042602, -3.65804599418E-6), (-1.68452941182E-6, -4.39833950455E-6, 0.999999999989)96.9953230518, 362.006224322, 0.000861279220715
5given(-0.499941074014, -0.866059421945, 1.3166984467E-5), (0.866059421138, -0.499941072737, 5.33798795106E-5), (-3.96474312533E-5, 3.8090185239E-5, 0.999999998489)361.996294815, 96.9813843579, 0.00140634832134
6given(-0.500016054886, 0.866016134169, -1.46629753903E-5), (-0.866016134256, -0.50001605495, -7.90976257987E-7), (-8.01672130966E-6, 1.23028724362E-5, 0.999999999892)97.0088530706, 362.004761832, -0.000659179507153
7given(-0.499979232109, 0.866037393799, -1.36448674204E-6), (-0.866037393754, -0.499979232098, -9.50492968973E-6), (-8.91383957023E-6, -3.57057090563E-6, 0.999999999954)96.9951964301, 362.01242944, 0.00191007670875
8given(-0.500013242132, -0.866017758276, -6.57978733793E-6), (0.866017758213, -0.500013242175, 1.04595299199E-5), (-1.23481194535E-5, -4.68309213488E-7, 0.999999999924)362.007468477, 96.9965991324, 0.00198357614096

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要素

#1: 抗体 REGN7663 Fab light chain


分子量: 24185.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 REGN7663 Fab heavy chain


分子量: 25799.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 C-X-C chemokine receptor type 4


分子量: 71063.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61073
#4: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-D21 / (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 674.929 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H71O8P
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trimeric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27104 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 69.89 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003513023
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.715217709
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04461992
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00582157
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.94321845
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000710231672969
ens_1d_3DAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000715037713169
ens_2d_2EBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000593379449044
ens_2d_3EBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000591637054661
ens_3d_2CRELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000702744915074
ens_3d_3CRELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000681654568856
ens_4d_2PGELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0005471622343
ens_4d_3PGELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000583472940313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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