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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u4r | ||||||
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タイトル | Structure of REGN7663-Fab bound CXCR4 | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / chemokine receptor / antibody / fab / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / positive regulation of vasculature development / regulation of programmed cell death / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / : / C-C chemokine receptor activity / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of chemotaxis / Formation of definitive endoderm / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / epithelial cell development / cell leading edge / small molecule binding / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of calcium ion transport / Binding and entry of HIV virion / regulation of cell adhesion / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cardiac muscle contraction / neurogenesis / cell chemotaxis / response to activity / ubiquitin binding / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / neuron migration / response to virus / brain development / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome / virus receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cytoplasmic vesicle / early endosome / lysosome / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
![]() | Saotome, K. / McGoldrick, L.L. / Franklin, M.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into CXCR4 modulation and oligomerization 著者: Saotome, K. / McGoldrick, L.L. / Ho, J. / Ramlall, T. / Shah, S. / Moore, M.J. / Kim, J.H. / Leidich, R. / Olson, W.C. / Franklin, M.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41892MC ![]() 8u4nC ![]() 8u4oC ![]() 8u4pC ![]() 8u4qC ![]() 8u4sC ![]() 8u4tC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24185.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 25799.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 71063.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P61073 |
#4: 化合物 | ChemComp-CLR / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: REGN7663 Fab-bound CXCR4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102810 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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