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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u4q | ||||||
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タイトル | Structure of REGN7663 Fab-bound CXCR4/Gi complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / chemokine receptor / antibody / Fab / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / positive regulation of vasculature development / regulation of programmed cell death / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / : / positive regulation of dendrite extension / Formation of definitive endoderm / positive regulation of chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / cell leading edge / epithelial cell development / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of calcium ion transport / Adenylate cyclase inhibitory pathway / small molecule binding / positive regulation of protein localization to cell cortex / Binding and entry of HIV virion / regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of cell adhesion / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cardiac muscle contraction / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neurogenesis / cell chemotaxis / ubiquitin binding / response to activity / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / neuron migration / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / response to virus / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / brain development / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | ||||||
データ登録者 | Saotome, K. / McGoldrick, L.L. / Franklin, M.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Structural insights into CXCR4 modulation and oligomerization 著者: Saotome, K. / McGoldrick, L.L. / Ho, J. / Ramlall, T. / Shah, S. / Moore, M.J. / Kim, J.H. / Leidich, R. / Olson, W.C. / Franklin, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u4q.cif.gz | 278 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u4q.ent.gz | 204.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u4q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u4q_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u4q_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u4q_validation.xml.gz | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u4q_validation.cif.gz | 71.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/8u4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/8u4q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41891MC 8u4nC 8u4oC 8u4pC 8u4rC 8u4sC 8u4tC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC
#4: タンパク質 | 分子量: 41591.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P63096 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 38534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62873 |
#6: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P59768 |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 24185.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 25799.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 R
#3: タンパク質 | 分子量: 71063.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P61073 |
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#7: 化合物 | ChemComp-CLR / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: REGN7663 Fab-bound CXCR4/Gi complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148703 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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