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万見
- PDB-8tvl: Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tvl
タイトルPlasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen
要素Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
キーワードBLOOD CLOTTING / PAM / human plasminogen / M-protein / Group A streptococcus
機能・相同性
機能・相同性情報


plasminogen activation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / YSIRK Gram-positive signal peptide
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Readnour, B.M. / Tjia-Fleck, S.K. / Castellino, F.J. / McCann, N.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL013424 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen
著者: Readnour, B.M. / Tjia-Fleck, S.K. / McCann, N.R. / Ayinuola, Y.A. / Ploplis, V.A. / Castellino, F.J.
履歴
登録2023年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / em_db_reference / pdbx_database_related
Item: _database_2.database_code / _em_db_reference.access_code / _pdbx_database_related.db_id
改定 2.02024年8月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_buffer ...atom_site / em_buffer / em_buffer_component / em_software / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_buffer.details / _em_buffer_component.concentration / _em_buffer_component.concentration_units / _em_buffer_component.name / _em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _em_software.version / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
解説: Model orientation/position / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6601
ポリマ－40,6601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM


分子量: 40659.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: AP53 / 遺伝子: pam, emm / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49054

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plasminogen Binding Group A Streptococcus M-Like Protein from AP53 bound to human plasminogen
タイプ: COMPLEX / 詳細: PAM was bound to the surface of a lentivirus / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.041 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53 / 細胞内の位置: Cell surface
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T
緩衝液pH: 7.4
詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4
緩衝液成分濃度: 1 X / 名称: PBS / 式: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Plasminogen binding Group A streptococcus M like protein of AP53 bound to human plasminogen on the surface of a lentivirus
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 109000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 34000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4054

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5054 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212829 / クラス平均像の数: 14 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Phenix map to model / Source name: Other / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 149.71 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00472720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0933616
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481389
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071489
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.1548363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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