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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tia | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of locally-refined tetramer of Shedu nuclease domain from Bacillus cereus | ||||||
要素 | Shedu protein SduA | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Shedu / DUF4263 / Bacterial defense systems / Nuclease / Anti-plasmid defense system / PD-(D/E)XK nuclease / Whirly domain / Two-component signaling | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF4263 / : / Shedu protein SduA, C-terminal / Shedu protein SduA, N-terminal / nuclease activity / defense response to virus / Shedu protein SduA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus B4264 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å | ||||||
データ登録者 | Gu, Y. / Corbett, K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Shedu anti-phage nucleases share a common enzymatic core regulated by diverse sensor domains 著者: Gu, Y. / Corbett, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tia.cif.gz | 160.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tia.ent.gz | 127.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8tia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8tia | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26236.760 Da / 分子数: 4 / 変異: E264A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus cereus B4264 (バクテリア) 遺伝子: sduA, BCB4264_A0974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7HFR2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Shedu nuclease domain in an active form, which lacks N-terminal domains. A tetramer copy of the overall octamer assembly complex. タイプ: COMPLEX 詳細: This is a local refinement of a tetramer copy of the octamer assembly complex Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus cereus B4264 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 4.2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 331076 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Local refinement using cryoSPARC, with NU refinement option enabled. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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