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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8thb | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the Saccharomyces cerevisiae PCNA clamp unloader Elg1-RFC complex | ||||||||||||
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![]() | REPLICATION / DNA replication / DNA sliding clamp / PCNA clamp / clamp unloader / Elg1-RFC unloader | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 ...DNA clamp unloading / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / Polymerase switching / DNA clamp loader activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / DNA damage checkpoint signaling / DNA-templated DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
![]() | Zheng, F. / Yao, Y.N. / Georgescu, R. / O'Donnell, M.E. / Li, H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the PCNA unloader Elg1-RFC. 著者: Fengwei Zheng / Nina Y Yao / Roxana E Georgescu / Huilin Li / Michael E O'Donnell / ![]() 要旨: During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). ...During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). PCNA encircling duplex DNA is quite stable and is removed from DNA by the dedicated clamp unloader Elg1-RFC. Here, we show the cryo-EM structure of Elg1-RFC in various states with PCNA. The structures reveal essential features of Elg1-RFC that explain how it is dedicated to PCNA unloading. Specifically, Elg1 contains two external loops that block opening of the Elg1-RFC complex for DNA binding, and an "Elg1 plug" domain that fills the central DNA binding chamber, thereby reinforcing the exclusive PCNA unloading activity of Elg1-RFC. Elg1-RFC was capable of unloading PCNA using non-hydrolyzable AMP-PNP. Both RFC and Elg1-RFC could remove PCNA from covalently closed circular DNA, indicating that PCNA unloading occurs by a mechanism that is distinct from PCNA loading. Implications for the PCNA unloading mechanism are discussed. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 370.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 292.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41252MC ![]() 8thcC ![]() 8thdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 91391.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ELG1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-Replication factor C subunit ... , 4種, 4分子 BCDE
#2: タンパク質 | 分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 37841.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-AGS / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266496 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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