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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tek | |||||||||
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タイトル | Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila | |||||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / complex / Cilia / axoneme / nexin-dynein regulatory complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal dynein complex / flagellated sperm motility / motile cilium ...regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal dynein complex / flagellated sperm motility / motile cilium / positive regulation of cell motility / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body / cell projection / cell motility / small GTPase binding / cilium / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / Golgi apparatus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Ghanaeian, A.G. / Black, C.S. / Yang, S.K. / Bui, K.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Integrated modeling of the Nexin-dynein regulatory complex reveals its regulatory mechanism. 著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M ...著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M Marcotte / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui / ![]() ![]() ![]() 要旨: Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein ...Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein regulatory complex (N-DRC), which links adjacent doublet microtubules and regulates and coordinates the activity of outer doublet complexes. Despite its critical role in cilia motility, the assembly and molecular basis of the regulatory mechanism are poorly understood. Here, using cryo-electron microscopy in conjunction with biochemical cross-linking and integrative modeling, we localize 12 DRC subunits in the N-DRC structure of Tetrahymena thermophila. We also find that the CCDC96/113 complex is in close contact with the DRC9/10 in the linker region. In addition, we reveal that the N-DRC is associated with a network of coiled-coil proteins that most likely mediates N-DRC regulatory activity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 426.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 294.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41189MC ![]() 8th8C ![]() 8tidC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 6種, 6分子 AMNPTg
#1: タンパク質 | 分子量: 98840.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The baseplate domain of the DRC1 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 76154.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 114163.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 94540.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 42931.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 22976.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Coiled-coil protein, ... , 2種, 2分子 BO
#2: タンパク質 | 分子量: 60596.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The baseplate domain of the DRC2 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 105196.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Growth-arrest-specific microtubule-binding ... , 2種, 2分子 DE
#3: タンパク質 | 分子量: 56190.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 55393.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Single Particle Analysis of baseplate domain of Nexin-Dynein regulatory complex of Tetrahymena thermophila Entity ID: #8-#9, #1-#7, #10 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 211502 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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