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- PDB-8sup: Structure of the 48S translation initiation complex assembled on ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8sup
タイトルStructure of the 48S translation initiation complex assembled on the encephalomyocarditis virus IRES
要素
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 10
  • 18S rRNA
  • 40S ribosomal protein S2
  • EMCV mRNA
  • Met-tRNAiMet
  • Receptor for Activated C Kinase 1 (RACK1)
  • Small ribosomal subunit protein uS11
  • eL41
  • eS1
  • eS10
  • eS12
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS27
  • eS28
  • eS30
  • eS31
  • eS4 (S4 X isoform)
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • uS10
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2 (SA)
  • uS3
  • uS4
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME / EMCV / IRES / Cryo-EM / 40SIC
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / metal-dependent deubiquitinase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / laminin receptor activity / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / 90S preribosome / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / phagocytic cup / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / ribosomal small subunit export from nucleus / laminin binding / translation initiation factor binding / gastrulation / translation initiation factor activity / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / ribosome assembly / positive regulation of translation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / PML body / spindle / fibrillar center / metallopeptidase activity / rRNA processing / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / virus receptor activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / apoptotic process / centrosome / synapse / dendrite / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / : / eIF3 subunit 6 N terminal domain ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / : / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / EIF3CL-like, C-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / : / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / JAB/MPN domain / 40S Ribosomal protein S10 / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / MPN domain / Ribosomal protein S17e signature. / MPN domain profile. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 40S ribosomal protein S24 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
Encephalomyocarditis virus (脳心筋炎ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bhattacharjee, S. / Abaeva, I.S. / Brown, Z.P. / Arhab, Y. / Fallah, H. / Jeevan, J.C. / Hellen, C.U.T. / Frank, J. / Pestova, T.V.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM139453 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM29169 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122602 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM097014 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI123406 米国
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2026
タイトル: The mechanism of ribosomal recruitment during translation initiation on the Type 2 encephalomyocarditis virus IRES.
著者: Sayan Bhattacharjee / Irina S Abaeva / Zuben P Brown / Yani Arhab / Hengameh Fallah / Christopher U T Hellen / Joachim Frank / Tatyana V Pestova /
要旨: The encephalomyocarditis virus (EMCV) internal ribosomal entry side (IRES) and other Type 2 IRESs favor translation of the viral genome during infection. The domains H-L of these IRESs specifically ...The encephalomyocarditis virus (EMCV) internal ribosomal entry side (IRES) and other Type 2 IRESs favor translation of the viral genome during infection. The domains H-L of these IRESs specifically interact with the cellular translation initiation factors eIF4G/eIF4A through their essential JK domain. However, the JK domain is not sufficient for IRES activity, which also strictly requires the preceding domain I of unknown function. To identify interactions that drive ribosomal attachment to eIF4G/eIF4A-bound Type 2 IRESs, we determined the cryo-EM structure of 48S initiation complexes formed on the EMCV IRES. The apical cloverleaf of domain I contacts ribosomal proteins uS13 and uS19 via its subdomain Id, whereas the essential GNRA tetraloop in subdomain Ic interacts with the TψC domain of initiator tRNA. The IRES-tRNA interaction also provides a mechanism for release of the IRES after eIF2 is replaced by eIF5B during subunit joining to allow attachment of 60S subunits. Functional assays supported the exceptional role of these interactions for initiation on this IRES. The strong conservation of the apex of domain I amongst Type 2 IRESs suggests that the reported interactions provide a common general mechanism of ribosomal attachment on them all.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: The mechanism of ribosomal recruitment during translation initiation on Type 2 IRESs.
著者: Sayan Bhattacharjee / Irina S Abaeva / Zuben P Brown / Yani Arhab / Hengameh Fallah / Christopher U T Hellen / Joachim Frank / Tatyana V Pestova /
要旨: The encephalomyocarditis virus (EMCV) IRES and other Type 2 IRESs comprise domains H-L and specifically interact with eIF4G/eIF4A through their essential JK domain. However, the JK domain is not ...The encephalomyocarditis virus (EMCV) IRES and other Type 2 IRESs comprise domains H-L and specifically interact with eIF4G/eIF4A through their essential JK domain. However, the JK domain is not sufficient for IRES function, which also requires the preceding domain I of unknown function. To identify interactions that drive ribosomal recruitment of eIF4G/eIF4A-bound Type 2 IRESs, we determined the cryo-EM structure of 48S initiation complexes formed on the EMCV IRES. It revealed that the apical domain I cloverleaf contacts ribosomal proteins uS13 and uS19 via its Id subdomain and that the essential GNRA tetraloop in subdomain Ic interacts directly with the TψC domain of initiator tRNA. Functional assays supported the exceptional role of these interactions for initiation on this IRES. The strong conservation of primary and secondary structures of the apex of domain I among Type 2 IRESs suggests that the reported interactions are a common essential feature of them all.
履歴
登録2023年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
o: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
p: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
q: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
r: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
s: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
t: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
u: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
v: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
2: 18S rRNA
3: EMCV mRNA
A: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal
B: uS2 (SA)
C: eS1
D: 40S ribosomal protein S2
E: uS3
F: eS4 (S4 X isoform)
G: uS7
H: eS6
I: eS7
J: eS8
K: uS4
L: eS10
M: uS17
N: eS12
O: uS15
P: Small ribosomal subunit protein uS11
Q: uS19
R: uS9
S: eS17
T: uS13
U: eS19
V: uS10
W: eS21
X: uS8
Y: uS12
Z: eS24
a: eS25
b: eS26
c: eS27
d: eS28
e: uS14
f: eS30
g: eS31
h: Receptor for Activated C Kinase 1 (RACK1)
i: Met-tRNAiMet
j: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
n: eL41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,893,87748
ポリマ－1,893,81247
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Eukaryotic translation initiation factor ... , 10種, 10分子 opqrstuvAj

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta


分子量: 164902.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3A, EIF3S10 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMZ5
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C


分子量: 97923.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3C / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9CMJ3
#3: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E


分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3E / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SUC8
#4: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF-3-epsilon / eIF3 p47


分子量: 37846.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3F, EIF3S5 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SLC2
#5: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H


分子量: 39952.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3H / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1ST95
#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / eIF-3 p25


分子量: 25129.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3K, EIF3S12 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3L2
#7: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic ...eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E-interacting protein


分子量: 66804.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3L, EIF3EIP, EIF3S6IP / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SED9
#8: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3m


分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF3M / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SLW8
#11: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / eIF-1A X isoform / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 16488.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF1AX, EIF1A, EIF4C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47813
#46: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1


分子量: 36161.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: EIF2S1, EIF2A / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 23i

#9: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603100.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 2488159015
#10: RNA鎖 EMCV mRNA


分子量: 28627.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Encephalomyocarditis virus (脳心筋炎ウイルス)
参照: GenBank: 485965777
#45: RNA鎖 Met-tRNAiMet


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
タンパク質 , 33種, 33分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#12: タンパク質 uS2 (SA) / 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / ...40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32958.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPSA, LOC100144340 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#13: タンパク質 eS1 / 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS3A, LOC100342838, LOC100348981 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#15: タンパク質 uS3 / Ribosomal protein S3


分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS3 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#16: タンパク質 eS4 (S4 X isoform) / 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100338112 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#17: タンパク質 uS7 / 40S ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS5 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#18: タンパク質 eS6 / 40S ribosomal protein S6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100339133, RPS6 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#19: タンパク質 eS7 / 40S ribosomal protein S7


分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#20: タンパク質 eS8 / 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100352057 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#21: タンパク質 uS4 / Ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS9 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#22: タンパク質 eS10


分子量: 17156.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100348511 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#23: タンパク質 uS17 / 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100347468 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#24: タンパク質 eS12 / 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS12 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#25: タンパク質 uS15 / Ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS13 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14


分子量: 18133.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0AAA9WYR1
#27: タンパク質 uS19 / 40S ribosomal protein S15


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC103349305 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#28: タンパク質 uS9 / Ribosomal protein S16


分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS16 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#29: タンパク質 eS17 / 40S ribosomal protein S17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS17 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#30: タンパク質 uS13 / 40S ribosomal protein S18


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100356144 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#31: タンパク質 eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 16235.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100345774 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#32: タンパク質 uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100354063 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#33: タンパク質 eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS21 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82
#34: タンパク質 uS8 / 40S Ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS15A / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#35: タンパク質 uS12 / 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS23 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#36: タンパク質 eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15237.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#37: タンパク質 eS25 / 40S ribosomal protein S25


分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#38: タンパク質 eS26 / 40S ribosomal protein S26


分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFE8
#39: タンパク質 eS27 / 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100345694, LOC100345044, LOC100348261, RPS27 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#40: タンパク質 eS28 / 40S Ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RPS28 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#41: タンパク質 uS14 / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: LOC100337712 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#42: タンパク質 eS30 / 40S ribosomal protein S30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: FAU / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#43: タンパク質 eS31 / 40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80 / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 21431.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#44: タンパク質 Receptor for Activated C Kinase 1 (RACK1)


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: GNB2L1 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 2分子 n

#47: タンパク質・ペプチド eL41 / 60s ribosomal protein l41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#48: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1EMCV IRES 40SICRIBOSOMECryo_EM#1-#470MULTIPLE SOURCES
240SICRIBOSOME#1-#9, #11-#471NATURAL
3EMCV IRESCOMPLEX#101NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
33Encephalomyocarditis virus (脳心筋炎ウイルス)12104
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
4RELION4CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 262752 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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