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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8snd | |||||||||
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タイトル | Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcNAc primer and UDP-GlcA | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / hyaluronic acid / hyaluronan / HA / HAS / glycosyltransferase / GT / membrane protein / nanobody / n-acetylglucosamine / glucuronic acid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyaluronan synthase activity / extracellular matrix assembly / hyaluronan biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2 (ウイルス) Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Stephens, Z. / Zimmer, J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular insights into hyaluronan synthesis, secretion, and length control 著者: Gorniak, I. / Stephens, Z. / Erramilli, S.K. / Gawda, T. / Kossiakoff, A.A. / Zimmer, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8snd.cif.gz | 168.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8snd.ent.gz | 127 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8snd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8snd_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8snd_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8snd_validation.xml.gz | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8snd_validation.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40623MC 8sncC 8sneC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 14783.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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#3: 抗体 | 分子量: 15255.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 65889.078 Da / 分子数: 1 / 変異: D302N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2 (ウイルス) 遺伝子: CZ-2_118R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M1H2Q1 |
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#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 13分子
#4: 化合物 | ChemComp-3PE / | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-UGA / | ||
#7: 化合物 | ChemComp-Y01 / | ||
#8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 881 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 97.14 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176543 / 対称性のタイプ: POINT |