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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8snb | ||||||
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タイトル | atomic model of sea urchin sperm doublet microtubule (48-nm periodicity) | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / sperm / doublet microtubule / DMT / microtubule inner protein / cilia / flagella / FAP / CFAP / MIP / MAP / cytoskeleton / tublin / sea urchin / TEX / Tektin / SAXO / ODF / SPATA / RIB | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process ...: / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / positive regulation of cell motility / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ciliary base / regulation of neuron projection development / axoneme / microtubule-based process / mitotic cytokinesis / cilium assembly / alpha-tubulin binding / sperm flagellum / phosphatase binding / Hsp70 protein binding / phosphorylation / mitotic spindle organization / acrosomal vesicle / ciliary basal body / Hsp90 protein binding / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / protein-folding chaperone binding / spermatogenesis / microtubule binding / vesicle / microtubule / calmodulin binding / cytoskeleton / hydrolase activity / neuron projection / GTPase activity / centrosome / calcium ion binding / GTP binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Zeng, J. / Zhang, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural specializations of the sperm tail. 著者: Miguel Ricardo Leung / Jianwei Zeng / Xiangli Wang / Marc C Roelofs / Wei Huang / Riccardo Zenezini Chiozzi / Johannes F Hevler / Albert J R Heck / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang / ...著者: Miguel Ricardo Leung / Jianwei Zeng / Xiangli Wang / Marc C Roelofs / Wei Huang / Riccardo Zenezini Chiozzi / Johannes F Hevler / Albert J R Heck / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang / Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / ![]() ![]() 要旨: Sperm motility is crucial to reproductive success in sexually reproducing organisms. Impaired sperm movement causes male infertility, which is increasing globally. Sperm are powered by a microtubule- ...Sperm motility is crucial to reproductive success in sexually reproducing organisms. Impaired sperm movement causes male infertility, which is increasing globally. Sperm are powered by a microtubule-based molecular machine-the axoneme-but it is unclear how axonemal microtubules are ornamented to support motility in diverse fertilization environments. Here, we present high-resolution structures of native axonemal doublet microtubules (DMTs) from sea urchin and bovine sperm, representing external and internal fertilizers. We identify >60 proteins decorating sperm DMTs; at least 15 are sperm associated and 16 are linked to infertility. By comparing DMTs across species and cell types, we define core microtubule inner proteins (MIPs) and analyze evolution of the tektin bundle. We identify conserved axonemal microtubule-associated proteins (MAPs) with unique tubulin-binding modes. Additionally, we identify a testis-specific serine/threonine kinase that links DMTs to outer dense fibers in mammalian sperm. Our study provides structural foundations for understanding sperm evolution, motility, and dysfunction at a molecular level. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 22.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 22.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 MB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.3 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40619MC ![]() 8otzC ![]() 8ou0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 41種, 395分子 1A1B1P1Q1T1U1V1W1Y1d1f1g1i1j9M9N9O1l1m2A2B2C2D2G2O3A3B3C3D3E...
-Coiled-coil domain-containing protein ... , 2種, 13分子 1E1F1G1H1K1L1M1v1w1x1y1z2a
#2: タンパク質 | 分子量: 49945.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7RBY5 #3: タンパク質 | 分子量: 79691.844 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7PGM9 |
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-Outer dense fiber protein ... , 2種, 17分子 1a1b5E5F5G5H5I5J5K5L5M5N5O5A5B9Y9Z
#7: タンパク質 | 分子量: 27280.830 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7RI41 #30: タンパク質 | 分子量: 30624.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7RDG4 |
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-Meiosis-specific nuclear structural protein ... , 2種, 6分子 1o1p1q1r2R2S
#12: タンパク質 | 分子量: 17323.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7NFX5 #17: タンパク質 | 分子量: 61705.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7REB1 |
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-Cilia- and flagella-associated protein ... , 6種, 19分子 2J2K2L2V2W3W3X3Y3Z4A4B4C4N4O4P4Q4T4U4V
#15: タンパク質 | 分子量: 15883.667 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7NA77 #18: タンパク質 | 分子量: 32480.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7RAY9 #23: タンパク質 | 分子量: 64116.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7NFL8 #24: タンパク質 | 分子量: 70455.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7NV05 #27: タンパク質 | 分子量: 27690.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7TG06 #28: タンパク質 | 分子量: 27701.848 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7GHD6 |
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-Trichohyalin-plectin-homology domain-containing ... , 2種, 4分子 3N3O4F4G
#21: タンパク質 | 分子量: 65783.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7REW2 #25: タンパク質 | 分子量: 62040.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7M7RHS4 |
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-非ポリマー , 3種, 446分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
#56: 化合物 | ChemComp-GTP / #57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: sea urchin sperm doublet microtubule / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#55 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 34 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127673 / 対称性のタイプ: POINT |