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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sl8 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in trace calcium, trace-1 | |||||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / Transient Receptor Potential / TRP / Transient Receptor Potential Melastatin 5 / TRPM5 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ligand-gated calcium channel activity / calcium-activated cation channel activity / sodium channel activity / monoatomic cation transmembrane transport / potassium channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / calcium ion transmembrane transport / neuronal cell body / dendrite / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Karuppan, S. / Schrag, L.G. / Jara-Oseguera, A. / Zubcevic, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structural dynamics at cytosolic interprotomer interfaces control gating of a mammalian TRPM5 channel. 著者: Sebastian Karuppan / Lynn Goss Schrag / Caroline M Pastrano / Andrés Jara-Oseguera / Lejla Zubcevic / 要旨: The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of ...The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of cardiac function, inflammatory pain, and insulin secretion. The structurally conserved TRPM cytoplasmic domains make up >70 % of the total protein. To investigate the mechanism by which the TRPM cytoplasmic domains contribute to gating, we employed electrophysiology and cryo-EM to study TRPM5-a channel that primarily relies on activation via intracellular Ca. Here, we show that activation of mammalian TRPM5 channels is strongly altered by Ca-dependent desensitization. Structures of rat TRPM5 identify a series of conformational transitions triggered by Ca binding, whereby formation and dissolution of cytoplasmic interprotomer interfaces appear to control activation and desensitization of the channel. This study shows the importance of the cytoplasmic assembly in TRPM5 channel function and sets the stage for future investigations of other members of the TRPM family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sl8.cif.gz | 525.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sl8.ent.gz | 372.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sl8_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sl8_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sl8_validation.xml.gz | 86.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sl8_validation.cif.gz | 136 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/8sl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/8sl8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40575MC 8sl6C 8slaC 8sleC 8sliC 8slpC 8slqC 8slwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 132351.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Trpm5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTl- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A455XI77 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Transient Receptor Potential Melastatin 5 (TRPM5) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.52 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293S GnTl- / プラスミド: pEGBacMam |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 296.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2601822 | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52230 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: 8SL6 / 詳細: model generated in this study / Source name: Other / タイプ: other |