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万見
- PDB-8skv: Structure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8skv
タイトルStructure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4)
要素
  • (Immunoglobulin ...) x 2
  • IgA receptor
  • Secretory component
キーワードIMMUNE SYSTEM / Secretory immunoglobulin A / SIgA / IgA / group A streptococcus / Streptococcus pyogenes M protein / M4 / Arp4 / infectious disease / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / IgA binding ...polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / IgA binding / glomerular filtration / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / IgA immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex / azurophil granule membrane / receptor clustering / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / receptor complex / blood microparticle / immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
M protein repeat / M protein repeat / Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain ...M protein repeat / M protein repeat / Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin J chain / Polymeric immunoglobulin receptor / Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / IgA receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pyogenes serotype M4 (化膿レンサ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu, Q. / Stadtmueller, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI165570 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: SIgA structures bound to Streptococcus pyogenes M4 and human CD89 provide insights into host-pathogen interactions.
著者: Qianqiao Liu / Beth M Stadtmueller /
要旨: Immunoglobulin (Ig) A functions as monomeric IgA in the serum and Secretory (S) IgA in mucosal secretions. Host IgA Fc receptors (FcαRs), including human FcαR1/CD89, mediate IgA effector functions; ...Immunoglobulin (Ig) A functions as monomeric IgA in the serum and Secretory (S) IgA in mucosal secretions. Host IgA Fc receptors (FcαRs), including human FcαR1/CD89, mediate IgA effector functions; however, human pathogen Streptococcus pyogenes has evolved surface-protein virulence factors, including M4, that also engage the CD89-binding site on IgA. Despite human mucosa serving as a reservoir for pathogens, SIgA interactions with CD89 and M4 remain poorly understood. Here we report cryo-EM structures of M4-SIgA and CD89-SIgA complexes, which unexpectedly reveal different SIgA-binding stoichiometry for M4 and CD89. Structural data, supporting experiments, and modeling indicate that copies of SIgA bound to S. pyogenes M4 will adopt similar orientations on the bacterium surface and leave one host FcαR binding site open. Results suggest unappreciated functional consequences associated with SIgA binding to host and bacterial FcαRs relevant to understanding host-microbe co-evolution, IgA effector functions and improving the outcomes of group A Streptococcus infection.
履歴
登録2023年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
B: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
C: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
D: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
E: Secretory component
J: Immunoglobulin J chain
a: IgA receptor
b: IgA receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,40819
ポリマ－302,1628
非ポリマー3,24611
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Immunoglobulin ... , 2種, 5分子 ABCDJ

#1: タンパク質
Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Ig alpha-1 chain C region / Ig alpha-1 chain C region BUR / Ig alpha-1 chain C region TRO


分子量: 37687.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of the Fab region is not included due to legal reasons.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHA1 / 細胞株 (発現宿主): HEK Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01876
#3: タンパク質 Immunoglobulin J chain / Joining chain of multimeric IgA and IgM


分子量: 15611.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JCHAIN, IGCJ, IGJ / 細胞株 (発現宿主): HEK Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01591

-
タンパク質 , 2種, 3分子 Eab

#2: タンパク質 Secretory component / Polymeric immunoglobulin receptor


分子量: 61095.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: secretory component / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIGR / 細胞株 (発現宿主): HEK Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01833
#4: タンパク質 IgA receptor


分子量: 37352.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ectodomain of M4
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M4 (化膿レンサ球菌)
株: M4 / 遺伝子: arp4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P13050

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糖 , 2種, 11分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Complex of human secretory Immunoglobulin A with group A streptococcus protein M4 (Arp4)COMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2human secretory immunoglobulin A1COMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3M4 (Arp4) from Streptococcus pyogenesCOMPLEX#41RECOMBINANTectodomain of M4
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)404331M4
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞
22Homo sapiens (ヒト)9606HEK Expi293F
33Escherichia coli (大腸菌)562BL21
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 200000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212493
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52217108
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6351820
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412055
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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