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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4) | |||||||||
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![]() | Secretory immunoglobulin A / SIgA / IgA / group A streptococcus / Streptococcus pyogenes M protein / M4 / Arp4 / infectious disease / protein complex / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / IgA binding ...polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / dimeric IgA immunoglobulin complex / polymeric immunoglobulin binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / Fc receptor signaling pathway / IgA binding / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / glomerular filtration / IgA immunoglobulin complex / IgG immunoglobulin complex / azurophil granule membrane / positive regulation of respiratory burst / receptor clustering / humoral immune response / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / receptor complex / blood microparticle / immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Liu Q / Stadtmueller BM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SIgA structures bound to Streptococcus pyogenes M4 and human CD89 provide insights into host-pathogen interactions. 著者: Qianqiao Liu / Beth M Stadtmueller / ![]() 要旨: Immunoglobulin (Ig) A functions as monomeric IgA in the serum and Secretory (S) IgA in mucosal secretions. Host IgA Fc receptors (FcαRs), including human FcαR1/CD89, mediate IgA effector functions; ...Immunoglobulin (Ig) A functions as monomeric IgA in the serum and Secretory (S) IgA in mucosal secretions. Host IgA Fc receptors (FcαRs), including human FcαR1/CD89, mediate IgA effector functions; however, human pathogen Streptococcus pyogenes has evolved surface-protein virulence factors, including M4, that also engage the CD89-binding site on IgA. Despite human mucosa serving as a reservoir for pathogens, SIgA interactions with CD89 and M4 remain poorly understood. Here we report cryo-EM structures of M4-SIgA and CD89-SIgA complexes, which unexpectedly reveal different SIgA-binding stoichiometry for M4 and CD89. Structural data, supporting experiments, and modeling indicate that copies of SIgA bound to S. pyogenes M4 will adopt similar orientations on the bacterium surface and leave one host FcαR binding site open. Results suggest unappreciated functional consequences associated with SIgA binding to host and bacterial FcαRs relevant to understanding host-microbe co-evolution, IgA effector functions and improving the outcomes of group A Streptococcus infection. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 168.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 51.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 792.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 792.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8skvMC ![]() 8skuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40568_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40568_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of human secretory Immunoglobulin A with group A streptoc...
全体 | 名称: Complex of human secretory Immunoglobulin A with group A streptococcus protein M4 (Arp4) |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of human secretory Immunoglobulin A with group A streptoc...
超分子 | 名称: Complex of human secretory Immunoglobulin A with group A streptococcus protein M4 (Arp4) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: human secretory immunoglobulin A1
超分子 | 名称: human secretory immunoglobulin A1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: M4 (Arp4) from Streptococcus pyogenes
超分子 | 名称: M4 (Arp4) from Streptococcus pyogenes / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 / 詳細: ectodomain of M4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Immunoglobulin heavy constant alpha 1
分子 | 名称: Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The sequence of the Fab region is not included due to legal reasons. コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.687488 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT WSESGQGVTA RNFPPSQDAS GDLYTTSSQL TLPATQCLAG KSVTCHVKH YTNPSQDVTV PCPVPSTPPT PSPSTPPTPS PSCCHPRLSL HRPALEDLLL GSEANLTCTL TGLRDASGVT F TWTPSSGK ...文字列: ASPTSPKVFP LSLCSTQPDG NVVIACLVQG FFPQEPLSVT WSESGQGVTA RNFPPSQDAS GDLYTTSSQL TLPATQCLAG KSVTCHVKH YTNPSQDVTV PCPVPSTPPT PSPSTPPTPS PSCCHPRLSL HRPALEDLLL GSEANLTCTL TGLRDASGVT F TWTPSSGK SAVQGPPERD LCGCYSVSSV LPGCAEPWNH GKTFTCTAAY PESKTPLTAT LSKSGNTFRP EVHLLPPPSE EL ALNELVT LTCLARGFSP KDVLVRWLQG SQELPREKYL TWASRQEPSQ GTTTFAVTSI LRVAAEDWKK GDTFSCMVGH EAL PLAFTQ KTIDRLAGKP THVNVSVVMA EVDGTCY UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant alpha 1 |
-分子 #2: Secretory component
分子 | 名称: Secretory component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: secretory component / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 61.095578 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: KSPIFGPEEV NSVEGNSVSI TCYYPPTSVN RHTRKYWCRQ GARGGCITLI SSEGYVSSKY AGRANLTNFP ENGTFVVNIA QLSQDDSGR YKCGLGINSR GLSFDVSLEV SQGPGLLNDT KVYTVDLGRT VTINCPFKTE NAQKRKSLYK QIGLYPVLVI D SSGYVNPN ...文字列: KSPIFGPEEV NSVEGNSVSI TCYYPPTSVN RHTRKYWCRQ GARGGCITLI SSEGYVSSKY AGRANLTNFP ENGTFVVNIA QLSQDDSGR YKCGLGINSR GLSFDVSLEV SQGPGLLNDT KVYTVDLGRT VTINCPFKTE NAQKRKSLYK QIGLYPVLVI D SSGYVNPN YTGRIRLDIQ GTGQLLFSVV INQLRLSDAG QYLCQAGDDS NSNKKNADLQ VLKPEPELVY EDLRGSVTFH CA LGPEVAN VAKFLCRQSS GENCDVVVNT LGKRAPAFEG RILLNPQDKD GSFSVVITGL RKEDAGRYLC GAHSDGQLQE GSP IQAWQL FVNEESTIPR SPTVVKGVAG GSVAVLCPYN RKESKSIKYW CLWEGAQNGR CPLLVDSEGW VKAQYEGRLS LLEE PGNGT FTVILNQLTS RDAGFYWCLT NGDTLWRTTV EIKIIEGEPN LKVPGNVTAV LGETLKVPCH FPCKFSSYEK YWCKW NNTG CQALPSQDEG PSKAFVNCDE NSRLVSLTLN LVTRADEGWY WCGVKQGHFY GETAAVYVAV EERHHHHHH UniProtKB: Polymeric immunoglobulin receptor |
-分子 #3: Immunoglobulin J chain
分子 | 名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 15.611458 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QEDERIVLVD NKCKCARITS RIIRSSEDPN EDIVERNIRI IVPLNNRENI SDPTSPLRTR FVYHLSDLCK KCDPTEVELD NQIVTATQS NICDEDSATE TCYTYDRNKC YTAVVPLVYG GETKMVETAL TPDACYPD UniProtKB: Immunoglobulin J chain |
-分子 #4: IgA receptor
分子 | 名称: IgA receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: ectodomain of M4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: M4 |
分子量 | 理論値: 37.352664 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AEIKKPQADS AWNWPKEYNA LLKENEELKV EREKYLSYAD DKEKDPQYRA LMGENQDLRK REGQYQDKIE ELEKERKEKQ ERQEQLERQ YQIEADKHYQ EQQKKHQQEQ QQLEAEKQKL AKDKQISDAS RQGLSRDLEA SRAAKKELEA EHQKLKEEKQ I SDASRQGL ...文字列: AEIKKPQADS AWNWPKEYNA LLKENEELKV EREKYLSYAD DKEKDPQYRA LMGENQDLRK REGQYQDKIE ELEKERKEKQ ERQEQLERQ YQIEADKHYQ EQQKKHQQEQ QQLEAEKQKL AKDKQISDAS RQGLSRDLEA SRAAKKELEA EHQKLKEEKQ I SDASRQGL SRDLEASREA KKKVEADLAA LTAEHQKLKE DKQISDASRQ GLSRDLEASR EAKKKVEADL AEANSKLQAL EK LNKELEE GKKLSEKEKA ELQARLEAEA KALKEQLAKQ AEELAKLKGN QTPNAKVAPQ ANRSRSAMTQ QKRTLPSTHH HHH H UniProtKB: IgA receptor |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200000 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |