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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sgs | ||||||
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タイトル | human liver mitochondrial Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase | ||||||
要素 | Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / human / liver / mitochondrial / Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 butyrate catabolic process / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / : / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix ...butyrate catabolic process / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / : / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix / centrosome / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2023 タイトル: High-Resolution Structural Proteomics of Mitochondria Using the 'Build and Retrieve' Methodology. 著者: Zhemin Zhang / Marios L Tringides / Christopher E Morgan / Masaru Miyagi / Jason A Mears / Charles L Hoppel / Edward W Yu / 要旨: The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of ...The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of single particle cryo-EM to identify multiple proteins from three enriched heterogeneous fractions prepared from human liver mitochondrial lysate. We simultaneously identify and solve high-resolution structures of nine essential mitochondrial enzymes with key metabolic functions, including fatty acid catabolism, reactive oxidative species clearance, and amino acid metabolism. Our methodology also identified multiple distinct members of the acyl-CoA dehydrogenase family. This work highlights the potential of cryo-EM to explore tissue proteomics at the atomic level. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sgs.cif.gz | 290 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sgs.ent.gz | 235.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sgs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sgs_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sgs_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sgs_validation.xml.gz | 62.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sgs_validation.cif.gz | 87.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40466MC 8sgpC 8sgrC 8sgvC 8shsC 8sk6C 8sk8C 8skrC 8sksC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44346.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16219, short-chain acyl-CoA dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-COA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16677 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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