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- PDB-8s9s: Structure of the human ER membrane protein complex (EMC) in GDN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s9s
タイトルStructure of the human ER membrane protein complex (EMC) in GDN
要素
  • (ER membrane protein complex subunit ...) x 8
  • Membrane magnesium transporter 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Insertase / endoplasmic reticulum / transmembrane chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / protein folding in endoplasmic reticulum / copper ion transport / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / early endosome membrane / carbohydrate binding / angiogenesis / early endosome / Golgi membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal ...ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Carbohydrate-binding-like fold / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ER membrane protein complex subunit 8 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Tomaleri, G.P. / Nguyen, V.N. / Voorhees, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM137412 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023
タイトル: A selectivity filter in the ER membrane protein complex limits protein misinsertion at the ER.
著者: Tino Pleiner / Masami Hazu / Giovani Pinton Tomaleri / Vy N Nguyen / Kurt Januszyk / Rebecca M Voorhees /
要旨: Tail-anchored (TA) proteins play essential roles in mammalian cells, and their accurate localization is critical for proteostasis. Biophysical similarities lead to mistargeting of mitochondrial TA ...Tail-anchored (TA) proteins play essential roles in mammalian cells, and their accurate localization is critical for proteostasis. Biophysical similarities lead to mistargeting of mitochondrial TA proteins to the ER, where they are delivered to the insertase, the ER membrane protein complex (EMC). Leveraging an improved structural model of the human EMC, we used mutagenesis and site-specific crosslinking to map the path of a TA protein from its cytosolic capture by methionine-rich loops to its membrane insertion through a hydrophilic vestibule. Positively charged residues at the entrance to the vestibule function as a selectivity filter that uses charge-repulsion to reject mitochondrial TA proteins. Similarly, this selectivity filter retains the positively charged soluble domains of multipass substrates in the cytosol, thereby ensuring they adopt the correct topology and enforcing the "positive-inside" rule. Substrate discrimination by the EMC provides a biochemical explanation for one role of charge in TA protein sorting and protects compartment integrity by limiting protein misinsertion.
履歴
登録2023年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ER membrane protein complex subunit 1
2: ER membrane protein complex subunit 2
3: ER membrane protein complex subunit 3
4: ER membrane protein complex subunit 4
5: Membrane magnesium transporter 1
6: ER membrane protein complex subunit 6
7: ER membrane protein complex subunit 7
8: ER membrane protein complex subunit 8
10: ER membrane protein complex subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,49319
ポリマ－301,2769
非ポリマー6,21710
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ER membrane protein complex subunit ... , 8種, 8分子 123467810

#1: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 1


分子量: 111886.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N766
#2: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 2 / Tetratricopeptide repeat protein 35 / TPR repeat protein 35


分子量: 34882.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15006
#3: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 3 / Transmembrane protein 111


分子量: 29981.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0I2
#4: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 4 / Cell proliferation-inducing gene 17 protein / Transmembrane protein 85


分子量: 20104.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5J8M3
#6: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 6 / Transmembrane protein 93


分子量: 12029.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BV81
#7: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 7


分子量: 26501.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPA0
#8: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 8 / Neighbor of COX4 / Protein FAM158B


分子量: 23807.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43402
#9: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 10 / Hematopoietic signal peptide-containing membrane domain-containing protein 1


分子量: 27375.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5UCC4

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 7分子 5

#12: 化合物
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#5: タンパク質 Membrane magnesium transporter 1 / ER membrane protein complex subunit 5 / Transmembrane protein 32


分子量: 14706.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4V1

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糖 , 2種, 4分子

#10: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human ER Membrane Protein Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Cell: HEK293
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMN-2-hydroxyethylpiperazine-N-2-ethane sulfonic acidHEPES1
2200 mMSodium chlorideNaCl1
32 mMmagnesium acetateMgAc21
41 mMDL-DithiothreitoDTT1
5.05 % (w/v)Synthetic substitute for DigitoninGDN1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample solubilized and purified in GDN
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.66 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 11822
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3CTF補正
7UCSF Chimera1.4モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
11cryoSPARC4分類
12cryoSPARC4３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1034250
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 156706 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 115.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003218404
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.619824950
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04082805
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00493159
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.63972597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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