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- PDB-8s7o: M. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and BDM71403 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s7o
タイトルM. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and BDM71403
要素
  • (DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*T)-3')) x 2
  • DNA gyrase subunit A
  • DNA gyrase subunit B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis / DNA gyrase / Novel Bacterial Topoisomerase II Inhibitors / antibiotic resistance / structure-activity relation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gedeon, A. / Yab, E. / Dinut, A. / Sadowski, E. / Capton, E. / Dreneau, A. / Gioia, B. / Piveteau, C. / Djaout, K. / Lecat, E. ...Gedeon, A. / Yab, E. / Dinut, A. / Sadowski, E. / Capton, E. / Dreneau, A. / Gioia, B. / Piveteau, C. / Djaout, K. / Lecat, E. / Wehenkel, A.M. / Gubellini, F. / Mechaly, A. / Alzari, P.M. / Deprez, B. / Baulard, A. / Aubry, A. / Willand, N. / Petrella, S.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
IdEx Universite Paris Cite フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-IDEX-0001 フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202303016284 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: M. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and BDM71403
著者: Gedeon, A. / Yab, E. / Dinut, A. / Sadowski, E. / Capton, E. / Dreneau, A. / Gioia, B. / Piveteau, C. / Djaout, K. / Lecat, E. / Wehenkel, A.M. / Gubellini, F. / Mechaly, A. / Alzari, P.M. / ...著者: Gedeon, A. / Yab, E. / Dinut, A. / Sadowski, E. / Capton, E. / Dreneau, A. / Gioia, B. / Piveteau, C. / Djaout, K. / Lecat, E. / Wehenkel, A.M. / Gubellini, F. / Mechaly, A. / Alzari, P.M. / Deprez, B. / Baulard, A. / Aubry, A. / Willand, N. / Petrella, S.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,5217
ポリマ－426,0736
非ポリマー4481
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20010 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area55420 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A / Type IIA topoisomerase subunit GyrA


分子量: 92304.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: gyrA, Rv0006, MTCY10H4.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WG47, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 74423.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: gyrB, Rv0005, MTCY10H4.03 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WG45, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量: 46325.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量: 46291.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物 ChemComp-A1H5Q / 6-[[2-[1-(6-methoxy-1,5-naphthyridin-4-yl)-1,2,3-triazol-4-yl]ethylamino]methyl]-4H-1,4-benzothiazin-3-one


分子量: 447.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21N7O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of Mtb DNA Gyrase in complex with DNA and BDM71403COMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2DNA gyraseCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Mycobacterium tuberculosis (結核菌)1773
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 987000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00411496
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6415694
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.2011833
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411786
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041953

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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