PDB-8rr0: CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleoti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rr0

タイトル

CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis

要素

Probable oxidoreductase YjgC
Uncharacterized protein YjgD

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Bacterial metabolism Bioenergetics Metalloenzyme Quinone Iron-Sulfur Cluster Helical Membrane Plug-in

機能・相同性

機能・相同性情報

formate metabolic process / formate dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素 / molybdopterin cofactor binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Cherrier, M.V. / Arnoux, P. / Martin, L. / Nicolet, Y. / Schoehn, G. / Legrand, P. / Broc, M. / Seduk, F. / Brasseur, G. / Arias-Cartin, R. ...

資金援助

フランス, 7件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-15-IDEX-02	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-15-IDEX-02	フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)	ANR-10-INBS-05-02	フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)	ANR-10-LABX-49-01	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-22-CE44-0035-01	フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)	MICROBIOCO2	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR 16-CE29-0010-01	フランス

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conserved Helical Membrane Plug-in for Quinone reductases
著者: Cherrier, M.V. / Arnoux, P. / Martin, L. / Nicolet, Y. / Schoehn, G. / Broc, M. / Seduk, F. / Brasseur, G. / Arias-Cartin, R. / Magalon, A. / Walburger, A. / Uzel, A. / Guigliarelli, B. / ...

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rr0.cif.gz	922.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rr0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rr0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rr0_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rr0_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8rr0_validation.xml.gz	157.4 KB	表示
CIF形式データ	8rr0_validation.cif.gz	223.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rr0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19452MC 8rqzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (22) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (12) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (6) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (4) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (5) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (4) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (22)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (12)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (6)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (4)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
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#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
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#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (4)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YjgD

B: Probable oxidoreductase YjgC

C: Uncharacterized protein YjgD

D: Probable oxidoreductase YjgC

E: Uncharacterized protein YjgD

F: Probable oxidoreductase YjgC

G: Uncharacterized protein YjgD

H: Probable oxidoreductase YjgC

ヘテロ分子

556 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YjgD 分子量: 21308.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: O34681
#2: タンパク質	Probable oxidoreductase YjgC 分子量: 109924.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: UniProt: O34720, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 12種, 176分子

#3: 化合物	... ChemComp-11A / UNDECANOIC ACID / ウンデカン酸分子量: 186.291 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₁H₂₂O₂ / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-A1H2V / [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate / (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRA N-3,4-DIOL / NEOMYCIN A / NEAMINE / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucoside 分子量: 751.023 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₉O₁₀P
#5: 化合物	ChemComp-SHV / HEPTANOIC ACID / ヘプタン酸分子量: 130.185 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-KNA / nonanoic acid / ノナン酸分子量: 158.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈O₂
#7: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#8: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE 分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₁₀O₁₃P₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION 分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物	ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7 / 2-メチル-3-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,22,26-オクタコサ(以下略) 分子量: 648.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₆₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL

分子量

値: 0.524244 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

緩衝液

pH: 6 / 詳細: 50 mM MES pH 6 50mM Na2SO4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	50 mM	MES		1
2	50 mM	Sodium sulfate	Na₂SO₄	1

試料

濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4977
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	3.3.2.	粒子像選択
4	cryoSPARC	3.3.2.	CTF補正
7	PHENIX	1.20.1.	モデルフィッティング
10	cryoSPARC	3.3.2.	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	3.3.2.	分類
12	cryoSPARC	3.3.2.	３次元再構成
19	PHENIX	1.20.1.	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₄ (4回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112095 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL

原子モデル構築

PDB-ID: 8RQZ

8rqz

Accession code: 8RQZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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