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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r8d | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of coagulation factor beta-XIIa in complex with the garadacimab Fab fragment (symmetric dimer) | ||||||
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![]() | BLOOD CLOTTING / Complex / coagulation / trypsin-like serine protease / hereditary angioedema (HAE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() coagulation factor XIIa / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / positive regulation of fibrinolysis / misfolded protein binding / zymogen activation ...coagulation factor XIIa / plasma kallikrein-kinin cascade / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / response to misfolded protein / positive regulation of plasminogen activation / blood coagulation, intrinsic pathway / positive regulation of fibrinolysis / misfolded protein binding / zymogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / protein autoprocessing / positive regulation of blood coagulation / rough endoplasmic reticulum / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / protein processing / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
![]() | Drulyte, I. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for inhibition of beta-FXIIa by garadacimab 著者: Drulyte, I. / Ghai, R. / Ow, S.Y. / Kapp, E.A. / Quek, A.J. / Panousis, C. / Wilson, M.J. / Nash, A.D. / Pelzing, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18999MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26537.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 25120.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 22762.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 多糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of coagulation factor beta-XIIa with garadacimab Fab fragment and anti-LC-lambda VHH タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.174 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 5.5 / 詳細: 10 mM Na Acetate, 100 mM NaCl pH 5.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Immediately before blotting and plunge freezing, fluorinated octyl maltoside (FOM) was added to the sample to the final concentration of 0.005%-0.01% (w/v) |
試料支持 | 詳細: plasma current 20 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1250 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4000 / 詳細: 2000 with 0.005% FOM and 2000 with 0.01% FOM |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris 詳細: Electron source E-CFEG (cold-FEG), energy filter Selectris X エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 271636 詳細: Particles were picked from each of the datasets independently using a blob picker using 50-170 A diameter. 124767 particles were picked from the 0.005% FOM dataset and 146869 particles from the 0.01% FOM dataset. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135296 / 対称性のタイプ: POINT |