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- PDB-8qzl: Single particle cryo-EM co-structure of Klebsiella pneumoniae Acr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qzl
タイトルSingle particle cryo-EM co-structure of Klebsiella pneumoniae AcrB with the BDM91288 efflux pump inhibitor at 3.42 Angstrom resolution
要素Efflux pump membrane transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Efflux Pump Inhibitor / Transmembrane Binding / Antibiotic Resistance
機能・相同性3-chloranyl-2,6-di(piperazin-4-ium-1-yl)quinoline / :
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae DSM 30104 = JCM 1662 = NBRC 14940 (肺炎桿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Boernsen, C. / Mueller, R.T. / Pos, K.M. / Frangakis, A.S.
資金援助 ドイツ, フランス, 2件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchBMBF- 16GW0236K ドイツ
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-AMRB-0007 フランス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Single particle cryo-EM co-structure of Klebsiella pneumoniae AcrB with the BDM91288 efflux pump inhibitor at 3.42 Angstrom resolution
著者: Boernsen, C. / Mueller, R.T.
履歴
登録2023年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Efflux pump membrane transporter
B: Efflux pump membrane transporter
C: Efflux pump membrane transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,1385
ポリマ－343,4703
非ポリマー6682
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Efflux pump membrane transporter


分子量: 114489.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae DSM 30104 = JCM 1662 = NBRC 14940 (肺炎桿菌)
株: FDAARGOS_775 / 遺伝子: UUU_08720 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(De3)deltaacrB / 参照: UniProt: J2LW81
#2: 化合物 ChemComp-WQW / 3-chloranyl-2,6-di(piperazin-4-ium-1-yl)quinoline


分子量: 333.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24ClN5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trimeric Klebsiella pneumoniae AcrB with BDM91288 efflux pump inhibitor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae DSM 30104 = JCM 1662 = NBRC 14940 (肺炎桿菌)
株: FDAARGOS_775
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C43(DE3)deltaacrAB
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.02 %DDM1
試料濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8487
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC4CTF補正
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 380181
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109174 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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