+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qwe | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Cas / cryo-EM / ancestral sequence reconstruction / biotechnology / DNA / RNA | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | ||||||
データ登録者 | Lopez-Alonso, J.P. / Ubarretxena-Belandia, I. / Tascon, I. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nature Biotechnology / 年: 2024 タイトル: A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate 2 recognition for nucleic-acid editing and detection 著者: Jabalera, Y. / Tascon, I. / Samperio, S. / Lopez-Alonso, J.P. / Gonzalez-Lopez, M. / Aransay, A.M. / Abascal-Palacios, G. / Beisel, C.L. / Ubarretxena-Belandia, I. / Jimenez-Perez, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qwe.cif.gz | 305.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8qwe.ent.gz | 237 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qwe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qwe_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8qwe_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qwe_validation.xml.gz | 50 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qwe_validation.cif.gz | 74.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/8qwe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18693MC 8qwdC 8qwfC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 148954.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||
---|---|---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 12696.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) | ||
#3: DNA鎖 | 分子量: 11983.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) | ||
#4: DNA鎖 | 分子量: 12023.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) | ||
#5: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) / プラスミド: pET-28a(+) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.12 sec. / 電子線照射量: 50.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 17896 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 496155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137913 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: other | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|