PDB-8qqj: CryoEM structure of the type IV pilin PilA5 from Thermus thermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qqj

タイトル

CryoEM structure of the type IV pilin PilA5 from Thermus thermophilus

要素

Type IV narrow pilus major component PilA5

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Type IV pilin glycosylation / twitching motility

機能・相同性

: / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / cell outer membrane / periplasmic space / plasma membrane / Type IV narrow pilus major component PilA5

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Gold, V.A.M. / Neuhaus, A. / Gaines, M. / Isupov, M. / McLaren, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus
著者: Gold, V.A.M. / Neuhaus, A. / Gaines, M. / Isupov, M. / McLaren, M.

履歴

登録	2023年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qqj.cif.gz	638.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qqj.ent.gz	548.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qqj_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qqj_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	8qqj_validation.xml.gz	88.3 KB	表示
CIF形式データ	8qqj_validation.cif.gz	145.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18593MC 18588C 8qqdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

J: Type IV narrow pilus major component PilA5

A: Type IV narrow pilus major component PilA5

B: Type IV narrow pilus major component PilA5

C: Type IV narrow pilus major component PilA5

D: Type IV narrow pilus major component PilA5

E: Type IV narrow pilus major component PilA5

F: Type IV narrow pilus major component PilA5

G: Type IV narrow pilus major component PilA5

H: Type IV narrow pilus major component PilA5

I: Type IV narrow pilus major component PilA5

K: Type IV narrow pilus major component PilA5

L: Type IV narrow pilus major component PilA5

M: Type IV narrow pilus major component PilA5

N: Type IV narrow pilus major component PilA5

O: Type IV narrow pilus major component PilA5

P: Type IV narrow pilus major component PilA5

Q: Type IV narrow pilus major component PilA5

R: Type IV narrow pilus major component PilA5

S: Type IV narrow pilus major component PilA5

T: Type IV narrow pilus major component PilA5

U: Type IV narrow pilus major component PilA5

V: Type IV narrow pilus major component PilA5

W: Type IV narrow pilus major component PilA5

X: Type IV narrow pilus major component PilA5

Y: Type IV narrow pilus major component PilA5

Z: Type IV narrow pilus major component PilA5

a: Type IV narrow pilus major component PilA5

b: Type IV narrow pilus major component PilA5

c: Type IV narrow pilus major component PilA5

d: Type IV narrow pilus major component PilA5

e: Type IV narrow pilus major component PilA5

ヘテロ分子

383 kDa, 31 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

...
Type IV narrow pilus major component PilA5 / Type IV major pilin PilA5

分子量: 11441.797 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72GL2

#2: 多糖

...
7-Acetamido-5-acetimidoyl-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-L-manno-nonulosonic aci-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 901.864 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1a_1-5_2NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][Aad22111m-2b_2-6_5NCC/3=N_7*NCC/3=O]/1-1-2-3/a3-b1_b3-c1_c4-d2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+2)]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Thermus thermophilus wide pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 47.6 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2455
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
4	cryoSPARC		CTF補正
7	Coot		モデルフィッティング
8	UCSF ChimeraX		モデルフィッティング
9	ISOLDE		モデルフィッティング
11	PHENIX	1.20.1_4487:	モデル精密化
13	cryoSPARC		最終オイラー角割当
15	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 84 ° / 軸方向距離/サブユニット: 11.25 Å / らせん対称軸の対称性: C1

粒子像の選択

選択した粒子像数: 2763060

3次元再構成

解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 475441 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	27001
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.814	37014
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	15.015	4774
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.048	5115
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	4557

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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