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万見
- EMDB-18593: CryoEM structure of the type IV pilin PilA5 from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18593
タイトルCryoEM structure of the type IV pilin PilA5 from Thermus thermophilus
マップデータ
試料
  • 複合体: Thermus thermophilus wide pilus
    • タンパク質・ペプチド: Type IV narrow pilus major component PilA5
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードType IV pilin glycosylation / twitching motility / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性: / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / cell outer membrane / periplasmic space / plasma membrane / Type IV narrow pilus major component PilA5
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Gold VAM / Neuhaus A / Gaines M / Isupov M / McLaren M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R008639/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus
著者: Gold VAM / Neuhaus A / Gaines M / Isupov M / McLaren M
履歴
登録2023年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18593.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18593.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 536.576 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 536.576 Å		1.05 Å/pix.
x 512 pix.
= 536.576 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.082781 - 0.9999999
平均 (標準偏差)0.15038465 (±0.016491134)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 536.576 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18593_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18593_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thermus thermophilus wide pilus

全体名称: Thermus thermophilus wide pilus
要素
  • 複合体: Thermus thermophilus wide pilus
    • タンパク質・ペプチド: Type IV narrow pilus major component PilA5
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Thermus thermophilus wide pilus

超分子名称: Thermus thermophilus wide pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)

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分子 #1: Type IV narrow pilus major component PilA5

分子名称: Type IV narrow pilus major component PilA5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 31 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
分子量理論値: 11.441797 KDa
配列文字列:
FTLIELAIVI VIIGILVAIA VPRFVDLTDQ ANQANVDATA AAVRSAYAIA TVQAKGIPTC DQVFANLEGG STSGSTWTSS DNSTTVSCN ASADTFTISR GGKTRTLNLT VN

UniProtKB: Type IV narrow pilus major component PilA5

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 31 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 2455 / 平均電子線量: 47.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 11.25 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 84.0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 475441
Segment selection選択した数: 2763060 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8qqj:
CryoEM structure of the type IV pilin PilA5 from Thermus thermophilus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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