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- PDB-8qqd: CryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qqd
タイトルCryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus
要素PilA
キーワードPROTEIN FIBRIL / Type IV pilin glycosylation / twitching motility
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / PilA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gold, V.A.M. / Neuhaus, A. / Gaines, M. / Isupov, M. / McLaren, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R008639/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2026
タイトル: Structural insights into the Thermus thermophilus type IV pilus machinery assembling two distinct pili.
著者: Alexander Neuhaus / Mathew McLaren / Michail N Isupov / Matthew Gaines / Emma Buzzard / Mateusz Sikora / Cyril Hanus / Bertram Daum / Beate Averhoff / Vicki A M Gold /
要旨: Type IV pili are long, filamentous structures that extend from bacterial cell surfaces, enabling cells to respond to changing environments and facilitating genome plasticity. Thermus thermophilus ...Type IV pili are long, filamentous structures that extend from bacterial cell surfaces, enabling cells to respond to changing environments and facilitating genome plasticity. Thermus thermophilus HB27 produces two different type IV pili, each exhibiting distinct structural and functional properties. Here, we combine cryo-electron tomography, mutagenesis, and AlphaFold predictions to generate hypothetical in situ models of the T. thermophilus type IV pilus assembly machinery. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determine structures of both filament types, enabling modelling of their surface glycans. Molecular dynamics simulations further reveal the flexibility of these glycans on extrusion. Integration of the filament structures with our hypothetical model of the assembly machinery offers a framework for further dissecting T4P architecture and biogenesis.
履歴
登録2023年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 2.02026年4月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_imaging / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_contact_author / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.12026年4月8日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data collection / Data processing ...Data collection / Data processing / Database references / Experimental summary / Other / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_admin / em_imaging ...em_admin / em_imaging / em_software / entity / entity_poly / struct_ref / struct_ref_seq
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model ..._em_admin.last_update / _em_imaging.microscope_model / _entity_poly.pdbx_strand_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id
改定 2.12026年4月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22026年4月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PilA
B: PilA
C: PilA
D: PilA
E: PilA
F: PilA
G: PilA
H: PilA
I: PilA
J: PilA
K: PilA
L: PilA
M: PilA
N: PilA
O: PilA
P: PilA
Q: PilA
R: PilA
S: PilA
T: PilA
U: PilA
V: PilA
W: PilA
X: PilA
Y: PilA
Z: PilA
a: PilA
b: PilA
c: PilA
d: PilA
e: PilA
f: PilA
g: PilA
h: PilA
i: PilA
j: PilA
k: PilA
l: PilA
m: PilA
n: PilA
o: PilA
p: PilA
q: PilA
r: PilA
s: PilA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)673,233180
ポリマ－596,30145
非ポリマー76,933135
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 ...
PilA


分子量: 13251.123 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8KPZ0
#2: 多糖...
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DGalpNAca1-3DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖...
7-Acetamido-5-acetimidoyl-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-L-manno-nonulosonic aci-(1-4)-alpha-D- ...7-Acetamido-5-acetimidoyl-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-L-manno-nonulosonic aci-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 901.864 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][Aad22111m-2b_2-6_5*NCC/3=N_7*NCC/3=O]/1-1-2-3/a3-b1_b3-c1_c4-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+2)]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖...
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Thermus thermophilus wide pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 47.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9ISOLDEモデルフィッティング
11REFMAC5モデル精密化
15cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 92.36 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.242 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 654248 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化解像度: 2.4→2.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.41052 --
obs0.41052 0 100 %
原子変位パラメータBiso mean: 62.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å2-0.01 Å20.01 Å2
2---1.09 Å2-0 Å2
3---2.18 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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