PDB-8qqd: CryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qqd

タイトル

CryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus

要素

Type IV wide pilus major component PilA4

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Type IV pilin glycosylation / twitching motility

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Gold, V.A.M. / Neuhaus, A. / Gaines, M. / Isupov, M. / McLaren, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus
著者: Gold, V.A.M. / Neuhaus, A. / Gaines, M. / Isupov, M.

履歴

登録	2023年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qqd.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qqd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qqd_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qqd_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8qqd_validation.xml.gz	123.3 KB	表示
CIF形式データ	8qqd_validation.cif.gz	201.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	18588MC 18593C 8qqjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

d: Type IV wide pilus major component PilA4

A: Type IV wide pilus major component PilA4

B: Type IV wide pilus major component PilA4

C: Type IV wide pilus major component PilA4

D: Type IV wide pilus major component PilA4

E: Type IV wide pilus major component PilA4

F: Type IV wide pilus major component PilA4

G: Type IV wide pilus major component PilA4

H: Type IV wide pilus major component PilA4

I: Type IV wide pilus major component PilA4

J: Type IV wide pilus major component PilA4

K: Type IV wide pilus major component PilA4

L: Type IV wide pilus major component PilA4

M: Type IV wide pilus major component PilA4

N: Type IV wide pilus major component PilA4

O: Type IV wide pilus major component PilA4

P: Type IV wide pilus major component PilA4

Q: Type IV wide pilus major component PilA4

R: Type IV wide pilus major component PilA4

S: Type IV wide pilus major component PilA4

T: Type IV wide pilus major component PilA4

U: Type IV wide pilus major component PilA4

V: Type IV wide pilus major component PilA4

W: Type IV wide pilus major component PilA4

X: Type IV wide pilus major component PilA4

Y: Type IV wide pilus major component PilA4

Z: Type IV wide pilus major component PilA4

a: Type IV wide pilus major component PilA4

b: Type IV wide pilus major component PilA4

c: Type IV wide pilus major component PilA4

e: Type IV wide pilus major component PilA4

f: Type IV wide pilus major component PilA4

g: Type IV wide pilus major component PilA4

h: Type IV wide pilus major component PilA4

i: Type IV wide pilus major component PilA4

j: Type IV wide pilus major component PilA4

k: Type IV wide pilus major component PilA4

l: Type IV wide pilus major component PilA4

m: Type IV wide pilus major component PilA4

n: Type IV wide pilus major component PilA4

o: Type IV wide pilus major component PilA4

p: Type IV wide pilus major component PilA4

q: Type IV wide pilus major component PilA4

r: Type IV wide pilus major component PilA4

s: Type IV wide pilus major component PilA4

ヘテロ分子

674 kDa, 45 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

...
Type IV wide pilus major component PilA4 / Type IV major pilin PilA4

分子量: 13251.123 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72JC0

#2: 多糖

...
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpNAca1-3DGalpNAca1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

...
7-Acetamido-5-acetimidoyl-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-L-manno-nonulosonic aci-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 901.864 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1a_1-5_2NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][Aad22111m-2b_2-6_5NCC/3=N_7*NCC/3=O]/1-1-2-3/a3-b1_b3-c1_c4-d2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(4+2)]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

...
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 糖

...
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Thermus thermophilus wide pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 47.6 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
7	Coot		モデルフィッティング
8	UCSF ChimeraX		モデルフィッティング
9	ISOLDE		モデルフィッティング
11	REFMAC	5	モデル精密化
15	cryoSPARC	4.4	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 92.36 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.242 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 654248 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	47250
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.764	64665
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	12.961	8775
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.057	8775
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	7695

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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