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- PDB-8qed: S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NCR1 in LMNG at pH 5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qed
タイトルS. cerevisia Niemann-Pick type C protein NCR1 in LMNG at pH 5.5
要素NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sterol transport / vacuole / lysosome / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal lipid absorption / LDL clearance / sterol transport / sterol binding / sphingolipid metabolic process / fungal-type vacuole membrane / cholesterol binding / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ERGOSTEROL / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Frain, K.M. / Nel, L. / Dedic, E. / Olesen, E. / Stokes, D. / Panyella Pedersen, B.
資金援助 米国, デンマーク, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144109 米国
Danish Council for Independent Research0135-00032B デンマーク
The Carlsberg FoundationCF19-0127 デンマーク
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Conformational changes in the Niemann-Pick type C1 protein NCR1 drive sterol translocation.
著者: Kelly M Frain / Emil Dedic / Lynette Nel / Anastasiia Bohush / Esben Olesen / Katja Thaysen / Daniel Wüstner / David L Stokes / Bjørn Panyella Pedersen /
要旨: The membrane protein Niemann-Pick type C1 (NPC1, named NCR1 in yeast) is central to sterol homeostasis in eukaryotes. NCR1 is localized to the vacuolar membrane, where it is suggested to carry ...The membrane protein Niemann-Pick type C1 (NPC1, named NCR1 in yeast) is central to sterol homeostasis in eukaryotes. NCR1 is localized to the vacuolar membrane, where it is suggested to carry sterols across the protective glycocalyx and deposit them into the vacuolar membrane. However, documentation of a vacuolar glycocalyx in fungi is lacking, and the mechanism for sterol translocation has remained unclear. Here, we provide evidence supporting the presence of a glycocalyx in isolated vacuoles and report four cryo-EM structures of NCR1 in two distinct conformations, named tense and relaxed. These two conformations illustrate the movement of sterols through a tunnel formed by the luminal domains, thus bypassing the barrier presented by the glycocalyx. Based on these structures and on comparison with other members of the Resistance-Nodulation-Division (RND) superfamily, we propose a transport model that links changes in the luminal domains with a cycle of protonation and deprotonation within the transmembrane region of the protein. Our model suggests that NPC proteins work by a generalized RND mechanism where the proton motive force drives conformational changes in the transmembrane domains that are allosterically coupled to luminal/extracellular domains to promote sterol transport.
履歴
登録2023年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9808
ポリマ－132,7551
非ポリマー3,2257
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 NPC intracellular sterol transporter 1-related protein 1


分子量: 132755.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NCR1
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
参照: UniProt: Q12200
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ERG / ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル


分子量: 396.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NCR1 pH 5.5 in LMNG / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1326 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741
緩衝液pH: 5.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidC6H13NO4S1
30.005 %LMNGC47H88O221
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8541
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5790 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.31粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC3.31初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
19PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 853702
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53670 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 77.1 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6R4L

6r4l


PDB chain-ID: A / Accession code: 6R4L / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 74.98 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029257
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.41912567
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.6731267
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371440
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0021570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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