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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q7n | ||||||
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タイトル | cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region) | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / spliceosome / pre-catalytic spliceosome / spliceosomal B complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microfibril / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component ...microfibril / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / U4/U6 snRNP / transcription elongation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U4 snRNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / proline-rich region binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / RNA polymerase binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / box C/D snoRNP assembly / U4 snRNP / rRNA modification in the nucleus and cytosol / U2 snRNP / U3 snoRNA binding / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Cajal body / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / single fertilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / RNA processing / U6 snRNA binding / ribonucleoprotein complex binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / transcription coregulator activity / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / nuclear receptor coactivator activity / response to cocaine / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / nuclear receptor binding / spliceosomal complex / protein modification process / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / cellular response to xenobiotic stimulus / protein tag activity / transcription corepressor activity / cellular response to tumor necrosis factor / ATPase binding / ribosomal small subunit biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / transcription coactivator activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / chromatin / nucleolus / GTP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Kumar, V. / Dybkov, O. / Will, C.L. / Urlaub, H. / Stark, H. / Luehrmann, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM analyses of dimerized spliceosomes provide new insights into the functions of B complex proteins. 著者: Zhenwei Zhang / Vinay Kumar / Olexandr Dybkov / Cindy L Will / Henning Urlaub / Holger Stark / Reinhard Lührmann / 要旨: The B complex is a key intermediate stage of spliceosome assembly. To improve the structural resolution of monomeric, human spliceosomal B (hB) complexes and thereby generate a more comprehensive hB ...The B complex is a key intermediate stage of spliceosome assembly. To improve the structural resolution of monomeric, human spliceosomal B (hB) complexes and thereby generate a more comprehensive hB molecular model, we determined the cryo-EM structure of B complex dimers formed in the presence of ATP S. The enhanced resolution of these complexes allows a finer molecular dissection of how the 5' splice site (5'ss) is recognized in hB, and new insights into molecular interactions of FBP21, SNU23 and PRP38 with the U6/5'ss helix and with each other. It also reveals that SMU1 and RED are present as a heterotetrameric complex and are located at the interface of the B dimer protomers. We further show that MFAP1 and UBL5 form a 5' exon binding channel in hB, and elucidate the molecular contacts stabilizing the 5' exon at this stage. Our studies thus yield more accurate models of protein and RNA components of hB complexes. They further allow the localization of additional proteins and protein domains (such as SF3B6, BUD31 and TCERG1) whose position was not previously known, thereby uncovering new functions for B-specific and other hB proteins during pre-mRNA splicing. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q7n.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q7n.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q7n_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q7n_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q7n_validation.xml.gz | 182.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q7n_validation.cif.gz | 289.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q7n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18225MC 8qo9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 56Z4
#1: RNA鎖 | 分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_004394.1 |
#11: RNA鎖 | 分子量: 111300.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#20: RNA鎖 | 分子量: 46528.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-タンパク質 , 14種, 14分子 7CDIKMQXrsNAST
#3: タンパク質 | 分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029 |
#5: タンパク質 | 分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83876 |
#6: タンパク質 | 分子量: 37563.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NAV1 |
#7: タンパク質 | 分子量: 52050.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55081 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55769 |
#9: タンパク質 | 分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223 |
#10: タンパク質 | 分子量: 42575.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75554 |
#12: タンパク質 | 分子量: 23664.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96NC0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 8560.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZL1 |
#16: タンパク質 | 分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94906 |
#17: タンパク質 | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9 |
#18: タンパク質 | 分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43290 |
#19: タンパク質 | 分子量: 124083.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14776 |
-U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 LFJ
#14: タンパク質 | 分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWY3 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 58536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43172 |
#21: タンパク質 | 分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43395 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human pre-catalytic spliceosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11, #13-#20, #12, #21 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251564 / 対称性のタイプ: POINT |