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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q5i | ||||||
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タイトル | Structure of Candida albicans 80S ribosome in complex with cephaeline | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Candida albicans / cephaeline | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 yeast-form cell wall / hyphal cell wall / pre-mRNA 5'-splice site binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome ...yeast-form cell wall / hyphal cell wall / pre-mRNA 5'-splice site binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cell surface / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) Synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Stetsenko, A. / Atamas, A. / Guskov, A. / Yusupov, M. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Biopolym Cell / 年: 2023 タイトル: Structural characterization of cephaeline binding to the eukaryotic ribosome using Cryo-Electron Microscopy 著者: Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Stetsenko, A. / Atamas, A. / Wu, C. / Jenner, L. / Sachs, S.M. / Guskov, A. / Yusupov, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q5i.cif.gz | 4.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q5i.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8q5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q5i_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q5i_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q5i_validation.xml.gz | 297.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q5i_validation.cif.gz | 530.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 13410Ag
#1: RNA鎖 | 分子量: 1085306.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: 1305241335 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38943.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: X16634.1 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50683.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: OQ195134.1 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 4461.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: The correct sequence should be GGCAGCAUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUAGGACUCAUAAGCCUAAGGUCACUGGUUCAAUUCCAGUUCUGCUACCA. Like GGCAG - gap - CUGCUACCA 由来: (天然) Candida albicans (酵母) |
#46: RNA鎖 | 分子量: 575838.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: XR_002086442.1 |
#76: RNA鎖 | 分子量: 1625.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
+60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 jklmnopqrstuvyz025678AAABACADAEAFAGAHAJ...
-Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 wx9AIDEGKVY
#18: タンパク質 | 分子量: 22685.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ56 |
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#19: タンパク質 | 分子量: 21002.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BUG0 |
#28: タンパク質 | 分子量: 14215.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3X2 |
#37: タンパク質 | 分子量: 14118.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6B7 |
#49: タンパク質 | 分子量: 26917.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ90 |
#50: タンパク質 | 分子量: 27313.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYS1 |
#52: タンパク質 | 分子量: 25319.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BS29 |
#56: タンパク質 | 分子量: 21765.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X2 |
#66: タンパク質 | 分子量: 13366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYJ9 |
#69: タンパク質 | 分子量: 16000.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V0 |
+40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 BCFHIJLMOPQRSTUWXZbcdef
-非ポリマー , 6種, 1545分子
#77: 化合物 | ChemComp-SPK / | ||||||||
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#78: 化合物 | #79: 化合物 | ChemComp-SPD / | #80: 化合物 | ChemComp-MG / #81: 化合物 | ChemComp-ZN / #82: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Candida albicans 80S ribosome in complex with cephaeline タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#75 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Candida albicans (酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc4_4035: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 粒子像の数: 254047 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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