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- PDB-8pvc: Structure of mouse heavy-chain apoferritin determined by cryoEM a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pvc
タイトルStructure of mouse heavy-chain apoferritin determined by cryoEM at 100 keV
要素Ferritin heavy chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron storage
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者McMullan, G. / Naydenova, K. / Mihaylov, D. / Peet, M.J. / Wilson, H. / Yamashita, K. / Dickerson, J.L. / Chen, S. / Cannone, G. / Lee, Y. ...McMullan, G. / Naydenova, K. / Mihaylov, D. / Peet, M.J. / Wilson, H. / Yamashita, K. / Dickerson, J.L. / Chen, S. / Cannone, G. / Lee, Y. / Hutchings, K.A. / Gittins, O. / Sobhy, M. / Wells, T. / El-Gomati, M.M. / Dalby, J. / Meffert, M. / Schulze-Briese, C. / Henderson, R. / Russo, C.J.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC UP 120117 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC U105184322 英国
Wellcome Trust220526/B/20/Z 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilR122522 英国
Innovate UK103806 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T003677/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure determination by cryoEM at 100 keV.
著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A ...著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo /
要旨: Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems.
履歴
登録2023年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2193
ポリマ－21,0981
非ポリマー1212
水00
1
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,25372
ポリマ－506,34324
非ポリマー2,91048
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation23
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(6.123234E-17, -1), (1, 6.123234E-17), (1)276.54
3generate(-1, -1.2246468E-16), (1.2246468E-16, -1), (1)276.54, 276.54
4generate(-1.8369702E-16, 1), (-1, -1.8369702E-16), (1)2.84217094E-14, 276.54
5generate(6.123234E-17, 1), (1), (-1, 6.123234E-17)276.54
6generate(-1, 1.2246468E-16), (1), (-1.2246468E-16, -1)276.54, 276.54
7generate(-1.8369702E-16, -1), (1), (1, -1.8369702E-16)276.54, 2.84217094E-14
8generate(1.11022302E-16, -1, 1.11022302E-16), (1.11022302E-16, 1.11022302E-16, 1), (-1, -1.11022302E-16, 1.11022302E-16)276.54, 276.54
9generate(-3.33066907E-16, -2.77555756E-16, -1), (-1, -3.33066907E-16, 2.77555756E-16), (-2.77555756E-16, 1, -3.33066907E-16)276.54, 276.54, 8.52651283E-14
10generate(1.11022302E-16, -1.11022302E-16, 1), (1, 1.11022302E-16, -1.11022302E-16), (-1.11022302E-16, 1, 1.11022302E-16)2.84217094E-14, 2.84217094E-14, 2.84217094E-14
11generate(-3.33066907E-16, 1, 2.77555756E-16), (2.77555756E-16, -3.33066907E-16, 1), (1, 2.77555756E-16, -3.33066907E-16)2.84217094E-14, 2.84217094E-14
12generate(2.22044605E-16, -1), (-1, 2.22044605E-16), (-1)276.54, 276.54, 276.54
13generate(2.22044605E-16, 1), (1, 2.22044605E-16), (-1)-5.68434189E-14, -5.68434189E-14, 276.54
14generate(1.11022302E-16, -1, -1.11022302E-16), (1.11022302E-16, 1.11022302E-16, -1), (1, 1.11022302E-16, 1.11022302E-16)276.54, 276.54, -2.84217094E-14
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18generate(2.22044605E-16, -1), (-1), (-1, 2.22044605E-16)276.54, 276.54, 276.54
19generate(2.22044605E-16, 1), (-1), (1, 2.22044605E-16)-5.68434189E-14, 276.54, -5.68434189E-14
20generate(1), (-1, -1.2246468E-16), (1.2246468E-16, -1)276.54, 276.54
21generate(-1), (2.22044605E-16, 1), (1, 2.22044605E-16)276.54, -8.52651283E-14, -5.68434189E-14
22generate(1), (6.123234E-17, -1), (1, 6.123234E-17)276.54
23generate(1), (-1.8369702E-16, 1), (-1, -1.8369702E-16)2.84217094E-14, 276.54
24generate(-1), (2.22044605E-16, -1), (-1, 2.22044605E-16)276.54, 276.54, 276.54

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要素

#1: タンパク質 Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit


分子量: 21097.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mouse heavy-chain apoferritin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 1400/HR + YPS FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DECTRIS SINGLA (1k x 1k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 75 µm / 横: 1030 / 縦: 1066

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解析

EMソフトウェア名称: Servalcat / バージョン: 0.4.27 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26745 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 7a4m

7a4m


Accession code: 7a4m / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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