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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pv9 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of DPS determined by cryoEM at 100 keV | |||||||||||||||||||||
要素 | DNA protection during starvation protein | |||||||||||||||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding ...DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | McMullan, G. / Naydenova, K. / Mihaylov, D. / Peet, M.J. / Wilson, H. / Yamashita, K. / Dickerson, J.L. / Chen, S. / Cannone, G. / Lee, Y. ...McMullan, G. / Naydenova, K. / Mihaylov, D. / Peet, M.J. / Wilson, H. / Yamashita, K. / Dickerson, J.L. / Chen, S. / Cannone, G. / Lee, Y. / Hutchings, K.A. / Gittins, O. / Sobhy, M. / Wells, T. / El-Gomati, M.M. / Dalby, J. / Meffert, M. / Schulze-Briese, C. / Henderson, R. / Russo, C.J. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure determination by cryoEM at 100 keV. 著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A ...著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo / 要旨: Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pv9.cif.gz | 51.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pv9.ent.gz | 28.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pv9_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pv9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pv9_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pv9_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/8pv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/8pv9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17958MC 8pvaC 8pvbC 8pvcC 8pvdC 8pveC 8pvfC 8pvgC 8pvhC 8pviC 8pvjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18530.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dps, pexB, vtm, b0812, JW0797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0ABT2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DNA protection during starvation protein (DPS) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0./1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 1400/HR + YPS FEG |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DECTRIS SINGLA (1k x 1k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 75 µm / 横: 1030 / 縦: 1066 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Servalcat / バージョン: 0.4.27 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: T (正4面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48896 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 空間: RECIPROCAL |
原子モデル構築 | PDB-ID: 6zgl Accession code: 6zgl / Source name: PDB / タイプ: experimental model |