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- PDB-8phq: Top cap of the Borrelia bacteriophage BB1 procapsid, fivefold-sym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8phq
タイトルTop cap of the Borrelia bacteriophage BB1 procapsid, fivefold-symmetrized outer shell
要素
  • Decorator protein P03
  • Decorator protein P05
  • Major capsid protein
  • Scaffold protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Bacteriophage / capsid / procapsid
機能・相同性Protein of unknown function DUF1357 / Protein of unknown function (DUF1357) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Rumnieks, J. / Fuzik, T. / Tars, K.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
European Regional Development Fund1.1.1.2/VIAA/4/20/704European Union
iNEXT-Discovery18826European Union
iNEXT-Discovery24421European Union
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of the Borrelia Bacteriophage φBB1 Procapsid.
著者: Jānis Rūmnieks / Tibor Füzik / Kaspars Tārs /
要旨: Bacteriophages of Borrelia burgdorferi are a biologically important but under-investigated feature of the Lyme disease-causing spirochete. No virulent borrelial viruses have been identified, but all ...Bacteriophages of Borrelia burgdorferi are a biologically important but under-investigated feature of the Lyme disease-causing spirochete. No virulent borrelial viruses have been identified, but all B. burgdorferi isolates carry a prophage φBB1 as resident circular plasmids. Like its host, the φBB1 phage is quite distinctive and shares little sequence similarity with other known bacteriophages. We expressed φBB1 head morphogenesis proteins in Escherichia coli which resulted in assembly of homogeneous prolate procapsid structures and used cryo-electron microscopy to determine the three-dimensional structure of these particles. The φBB1 procapsids consist of 415 copies of the major capsid protein and an equal combined number of three homologous capsid decoration proteins that form trimeric knobs on the outside of the particle. One of the end vertices of the particle is occupied by a portal assembled from twelve copies of the portal protein. The φBB1 scaffolding protein is entirely α-helical and has an elongated shape with a small globular domain in the middle. Within the tubular section of the procapsid, the internal scaffold is built of stacked rings, each composed of 32 scaffolding protein molecules, which run in opposite directions from both caps with a heterogeneous part in the middle. Inside the portal-containing cap, the scaffold is organized asymmetrically with ten scaffolding protein molecules bound to the portal. The φBB1 procapsid structure provides better insight into the vast structural diversity of bacteriophages and presents clues of how elongated bacteriophage particles might be assembled.
履歴
登録2023年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Major capsid protein
AB: Major capsid protein
AC: Major capsid protein
AD: Decorator protein P03
AE: Decorator protein P03
AF: Decorator protein P03
AG: Scaffold protein
AH: Scaffold protein
AI: Scaffold protein
AJ: Major capsid protein
AK: Major capsid protein
AL: Major capsid protein
AM: Decorator protein P03
AN: Decorator protein P03
AO: Decorator protein P05
AP: Scaffold protein
AQ: Scaffold protein
AR: Scaffold protein
AS: Major capsid protein
AT: Major capsid protein
AU: Major capsid protein
AV: Decorator protein P03
AW: Decorator protein P03
AX: Decorator protein P05
AY: Scaffold protein
AZ: Scaffold protein
BA: Scaffold protein
BB: Major capsid protein
BC: Major capsid protein
BD: Major capsid protein
BE: Decorator protein P03
BF: Decorator protein P05
BG: Decorator protein P03
BH: Scaffold protein
BI: Scaffold protein
BJ: Scaffold protein
BK: Major capsid protein
BL: Major capsid protein
BM: Major capsid protein
BN: Decorator protein P05
BO: Decorator protein P03
BP: Decorator protein P03
BQ: Scaffold protein
BR: Scaffold protein
BS: Scaffold protein
BT: Major capsid protein
BU: Major capsid protein
BV: Major capsid protein
BW: Decorator protein P05
BX: Decorator protein P03
BY: Decorator protein P03
BZ: Scaffold protein
CA: Scaffold protein
CB: Scaffold protein
CC: Major capsid protein
CD: Major capsid protein
CE: Major capsid protein
CF: Decorator protein P03
CG: Decorator protein P05
CH: Decorator protein P03
CI: Scaffold protein
CJ: Scaffold protein
CK: Scaffold protein
CL: Major capsid protein
CM: Major capsid protein
CN: Major capsid protein
CO: Decorator protein P03
CP: Decorator protein P03
CQ: Decorator protein P05
CR: Scaffold protein
CS: Scaffold protein
CT: Scaffold protein
CU: Major capsid protein
CV: Major capsid protein
CW: Major capsid protein
CX: Scaffold protein
CY: Scaffold protein
CZ: Scaffold protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,189,45478
ポリマ－2,189,45478
非ポリマー00
水00
1
AA: Major capsid protein
AB: Major capsid protein
AC: Major capsid protein
AD: Decorator protein P03
AE: Decorator protein P03
AF: Decorator protein P03
AG: Scaffold protein
AH: Scaffold protein
AI: Scaffold protein
AJ: Major capsid protein
AK: Major capsid protein
AL: Major capsid protein
AM: Decorator protein P03
AN: Decorator protein P03
AO: Decorator protein P05
AP: Scaffold protein
AQ: Scaffold protein
AR: Scaffold protein
AS: Major capsid protein
AT: Major capsid protein
AU: Major capsid protein
AV: Decorator protein P03
AW: Decorator protein P03
AX: Decorator protein P05
AY: Scaffold protein
AZ: Scaffold protein
BA: Scaffold protein
BB: Major capsid protein
BC: Major capsid protein
BD: Major capsid protein
BE: Decorator protein P03
BF: Decorator protein P05
BG: Decorator protein P03
BH: Scaffold protein
BI: Scaffold protein
BJ: Scaffold protein
BK: Major capsid protein
BL: Major capsid protein
BM: Major capsid protein
BN: Decorator protein P05
BO: Decorator protein P03
BP: Decorator protein P03
BQ: Scaffold protein
BR: Scaffold protein
BS: Scaffold protein
BT: Major capsid protein
BU: Major capsid protein
BV: Major capsid protein
BW: Decorator protein P05
BX: Decorator protein P03
BY: Decorator protein P03
BZ: Scaffold protein
CA: Scaffold protein
CB: Scaffold protein
CC: Major capsid protein
CD: Major capsid protein
CE: Major capsid protein
CF: Decorator protein P03
CG: Decorator protein P05
CH: Decorator protein P03
CI: Scaffold protein
CJ: Scaffold protein
CK: Scaffold protein
CL: Major capsid protein
CM: Major capsid protein
CN: Major capsid protein
CO: Decorator protein P03
CP: Decorator protein P03
CQ: Decorator protein P05
CR: Scaffold protein
CS: Scaffold protein
CT: Scaffold protein
CU: Major capsid protein
CV: Major capsid protein
CW: Major capsid protein
CX: Scaffold protein
CY: Scaffold protein
CZ: Scaffold protein
x 5


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
  • 10.9 MDa, 390 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,947,272390
ポリマ－10,947,272390
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4

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要素

#1: タンパク質 ...
Major capsid protein


分子量: 36255.551 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
遺伝子: BB_L06 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI
#2: タンパク質
Decorator protein P03


分子量: 20026.479 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
遺伝子: BB_L03 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI
#3: タンパク質 ...
Scaffold protein


分子量: 26710.363 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
遺伝子: BB_L02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R2Q2
#4: タンパク質
Decorator protein P05


分子量: 21274.934 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
遺伝子: BbuZS7_P05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Top cap of the Borrelia bacteriophage BB1 procapsid / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21-AI
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
310 mMmagnesium sulfateMgSO41
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.3粒子像選択
4Gctf1.18CTF補正
7Coot0.9.8.4モデルフィッティング
9RELION3.1.3初期オイラー角割当
10RELION3.1.3最終オイラー角割当
12RELION3.1.3３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32029 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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