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- PDB-8pdz: Recombinant Ena3A L-Type endospore appendages -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pdz
タイトルRecombinant Ena3A L-Type endospore appendages
要素DUF3992 domain-containing protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / Endospore / Pili / Protein / Fiber / Spore / Appendage / Bacillus paranthracis / recombinant
機能・相同性Endospore appendages core / Endospore appendages / DUF3992 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus paranthracis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Sleutel, M. / Remaut, H.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: A novel class of ultra-stable endospore appendages decorated with collagen-like tip fibrillae
著者: Sleutel, M. / Zegeye, E.D. / Llarena, A.K. / Pradhan, B. / Fislage, M. / O'Sullivan, K. / Aspholm, M. / Remaut, H.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: DUF3992 domain-containing protein
Q: DUF3992 domain-containing protein
P: DUF3992 domain-containing protein
O: DUF3992 domain-containing protein
U: DUF3992 domain-containing protein
T: DUF3992 domain-containing protein
S: DUF3992 domain-containing protein
V: DUF3992 domain-containing protein
W: DUF3992 domain-containing protein
X: DUF3992 domain-containing protein
Y: DUF3992 domain-containing protein
Z: DUF3992 domain-containing protein
a: DUF3992 domain-containing protein
b: DUF3992 domain-containing protein
H: DUF3992 domain-containing protein
I: DUF3992 domain-containing protein
J: DUF3992 domain-containing protein
K: DUF3992 domain-containing protein
L: DUF3992 domain-containing protein
M: DUF3992 domain-containing protein
N: DUF3992 domain-containing protein
A: DUF3992 domain-containing protein
B: DUF3992 domain-containing protein
C: DUF3992 domain-containing protein
D: DUF3992 domain-containing protein
E: DUF3992 domain-containing protein
F: DUF3992 domain-containing protein
G: DUF3992 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,44028
ポリマ－324,44028
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area82270 Å2
ΔGint-594 kcal/mol
Surface area112410 Å2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "P"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_7ens_1chain "G"
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d_9ens_1chain "I"
d_10ens_1chain "J"
d_11ens_1chain "K"
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d_17ens_1chain "Q"
d_18ens_1chain "R"
d_19ens_1chain "S"
d_20ens_1chain "T"
d_21ens_1chain "U"
d_22ens_1chain "V"
d_23ens_1chain "W"
d_24ens_1chain "X"
d_25ens_1chain "Y"
d_26ens_1chain "Z"
d_27ens_1chain "a"
d_28ens_1chain "b"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 3 - 115 / Label seq-ID: 2 - 114

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1PC
d_2BW
d_3CX
d_4DY
d_5EZ
d_6FAA
d_7GBA
d_8HO
d_9IP
d_10JQ
d_11KR
d_12LS
d_13MT
d_14NU
d_15OD
d_16AV
d_17QB
d_18RA
d_19SG
d_20TF
d_21UE
d_22VH
d_23WI
d_24XJ
d_25YK
d_26ZL
d_27aM
d_28bN

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要素

#1: タンパク質 ...
DUF3992 domain-containing protein


分子量: 11587.150 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus paranthracis (バクテリア)
遺伝子: AT268_06065, AT274_24635, BKK64_18030, CQZ91_26150, FOC96_02480, FOC96_16350, FOC96_31100, TU58_22910
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J6Z5T8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Recombinant Ena3A L-type endospore appendage / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 18.03 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus paranthracis (バクテリア) / 株: NVH 0075-95 / 細胞内の位置: spore surface
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分式: miliQ
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 62.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 8528

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 4.0.3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 18.547 ° / 軸方向距離/サブユニット: 44.97 Å / らせん対称軸の対称性: C7
3次元再構成解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 454321 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 84.18 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002122540
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.503130828
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05123948
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00434004
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.73813220
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.27071044904E-11
ens_1d_3CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.92120943738E-13
ens_1d_4CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.97426590763E-13
ens_1d_5CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.2192941995E-13
ens_1d_6CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.16555914407E-13
ens_1d_7CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.15066555777E-13
ens_1d_8CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.30944668876E-11
ens_1d_9CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.1549793163E-12
ens_1d_10CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.43446089917E-13
ens_1d_11CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.90491190818E-13
ens_1d_12CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.90714275876E-13
ens_1d_13CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.49152679547E-10
ens_1d_14CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.47372294592E-10
ens_1d_15CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.62353437819E-13
ens_1d_16CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.35544805975E-12
ens_1d_17CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.25117877882E-13
ens_1d_18CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.90710986354E-13
ens_1d_19CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.73057371332E-12
ens_1d_20CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.34831615601E-11
ens_1d_21CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.73399815904E-12
ens_1d_22CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.20537627157E-12
ens_1d_23CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.28406175883E-13
ens_1d_24CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.97432269653E-10
ens_1d_25CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.3812138959E-13
ens_1d_26CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.55712550983E-11
ens_1d_27CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.4269262436E-13
ens_1d_28CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.73239762574E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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