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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pdy | ||||||||||||
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タイトル | E. coli RNA polymerase paused at ops site | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Zuber, P.K. / Said, N. / Hilal, T. / Loll, B. / Wahl, M.C. / Knauer, S.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Concerted transformation of a hyper-paused transcription complex and its reinforcing protein. 著者: Philipp K Zuber / Nelly Said / Tarek Hilal / Bing Wang / Bernhard Loll / Jorge González-Higueras / César A Ramírez-Sarmiento / Georgiy A Belogurov / Irina Artsimovitch / Markus C Wahl / Stefan H Knauer / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: RfaH, a paralog of the universally conserved NusG, binds to RNA polymerases (RNAP) and ribosomes to activate expression of virulence genes. In free, autoinhibited RfaH, an α-helical KOW domain ...RfaH, a paralog of the universally conserved NusG, binds to RNA polymerases (RNAP) and ribosomes to activate expression of virulence genes. In free, autoinhibited RfaH, an α-helical KOW domain sequesters the RNAP-binding site. Upon recruitment to RNAP paused at an ops site, KOW is released and refolds into a β-barrel, which binds the ribosome. Here, we report structures of ops-paused transcription elongation complexes alone and bound to the autoinhibited and activated RfaH, which reveal swiveled, pre-translocated pause states stabilized by an ops hairpin in the non-template DNA. Autoinhibited RfaH binds and twists the ops hairpin, expanding the RNA:DNA hybrid to 11 base pairs and triggering the KOW release. Once activated, RfaH hyper-stabilizes the pause, which thus requires anti-backtracking factors for escape. Our results suggest that the entire RfaH cycle is solely determined by the ops and RfaH sequences and provide insights into mechanisms of recruitment and metamorphosis of NusG homologs across all life. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 610.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 484.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17626MC ![]() 8penC ![]() 8pfgC ![]() 8pfjC ![]() 8ph9C ![]() 8phkC ![]() 8pibC ![]() 8pidC ![]() 8pilC ![]() 8pimC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: M Q G S V T E F L K P R L V D I E Q V S S T H A K V T L E P L E R G F G H T L G N A L R R I L L S S M P G C A V T E V E I D G V L H E Y S T K E G V Q E D I L E I L L N L K G L A V R V Q G K D ...詳細: M Q G S V T E F L K P R L V D I E Q V S S T H A K V T L E P L E R G F G H T L G N A L R R I L L S S M P G C A V T E V E I D G V L H E Y S T K E G V Q E D I L E I L L N L K G L A V R V Q G K D E V I L T L N K S G I G P V T A A D I T H D G D V E I V K P Q H V I C H L T D E N A S I S M R I K V Q R G R G Y V P A S T R I H S E E D E R P I G R L L V D A C Y S P V E R I A Y N V E A A R V E Q R T D L D K L V I E M E T N G T I D P E E A I R R A A T I L A E Q L E A F V D L R D V R Q P E V K E E K P E F D P I L L R P V D D L E L T V R S A N C L K A E A I H Y I G D L V Q R T E V E L L K T P N L G K K S L T E I K D V L A S R G L S L G M R L E N W P P A S I A D E 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | ![]() 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | ![]() 分子量: 156504.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#5: RNA鎖 | 分子量: 5414.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: UUC UUU GGC GGU AGC GU / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#6: DNA鎖 | 分子量: 12207.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 12421.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.399 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 40.57 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3790 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 759854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250888 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 161 / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6c6s Accession code: 6c6s / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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