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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pds | ||||||
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タイトル | Local refinement of dimeric HMPV N-RNA bound to the C-terminal region of P | ||||||
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機能・相同性 | ![]() helical viral capsid / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whitehead, J.D. / Decool, H. / Leyrat, C. / Carrique, L. / Fix, J. / Eleouet, J.F. / Galloux, M. / Renner, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the N-RNA/P interface indicates mode of L/P recruitment to the nucleocapsid of human metapneumovirus. 著者: Jack D Whitehead / Hortense Decool / Cédric Leyrat / Loic Carrique / Jenna Fix / Jean-François Eléouët / Marie Galloux / Max Renner / ![]() ![]() ![]() 要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and transcription, the L/P complex traverses the viral RNA genome, which is encapsidated within nucleoproteins (N). An essential interaction between N and a C-terminal region of P tethers the L/P polymerase to the template. This N-P interaction is also involved in the formation of cytoplasmic viral factories in infected cells, called inclusion bodies. To define how the polymerase component P recognizes N-encapsidated RNA (N-RNA) we employed cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and molecular dynamics simulations, coupled to activity assays and imaging of inclusion bodies in cells. We report a 2.9 Å resolution structure of a triple-complex between multimeric N, bound to both RNA and the C-terminal region of P. Furthermore, we also present cryo-EM structures of assembled N in different oligomeric states, highlighting the plasticity of N. Combined with our functional assays, these structural data delineate in molecular detail how P attaches to N-RNA whilst retaining substantial conformational dynamics. Moreover, the N-RNA-P triple complex structure provides a molecular blueprint for the design of therapeutics to potentially disrupt the attachment of L/P to its template. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17620MC ![]() 8pdlC ![]() 8pdmC ![]() 8pdnC ![]() 8pdoC ![]() 8pdpC ![]() 8pdqC ![]() 8pdrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 43576.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: CAN97-83 / 遺伝子: N / プラスミド: pOPINE / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | | ![]() 分子量: 4227.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: E.coli RNA, co-purified with N. Due to mixed sequence, modelled as poly-C 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 895.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8B9Q8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 12.5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 125 mM NaCl | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 44.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: Please see publication for details | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1418445 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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