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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pdm | ||||||
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タイトル | 11-mer ring of human metapneumovirus (HMPV) N-RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Nucleoprotein (核タンパク質) / Virus (ウイルス) / Nucleocapsid (カプシド) / RNA-binding / HMPV / Pneumoviridae (ニューモウイルス科) / Mononegavirales (モノネガウイルス目) | ||||||
機能・相同性 | Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / リボ核酸 / 核タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Whitehead, J.D. / Decool, H. / Leyrat, C. / Carrique, L. / Fix, J. / Eleouet, J.F. / Galloux, M. / Renner, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of the N-RNA/P interface indicates mode of L/P recruitment to the nucleocapsid of human metapneumovirus. 著者: Jack D Whitehead / Hortense Decool / Cédric Leyrat / Loic Carrique / Jenna Fix / Jean-François Eléouët / Marie Galloux / Max Renner / 要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and transcription, the L/P complex traverses the viral RNA genome, which is encapsidated within nucleoproteins (N). An essential interaction between N and a C-terminal region of P tethers the L/P polymerase to the template. This N-P interaction is also involved in the formation of cytoplasmic viral factories in infected cells, called inclusion bodies. To define how the polymerase component P recognizes N-encapsidated RNA (N-RNA) we employed cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and molecular dynamics simulations, coupled to activity assays and imaging of inclusion bodies in cells. We report a 2.9 Å resolution structure of a triple-complex between multimeric N, bound to both RNA and the C-terminal region of P. Furthermore, we also present cryo-EM structures of assembled N in different oligomeric states, highlighting the plasticity of N. Combined with our functional assays, these structural data delineate in molecular detail how P attaches to N-RNA whilst retaining substantial conformational dynamics. Moreover, the N-RNA-P triple complex structure provides a molecular blueprint for the design of therapeutics to potentially disrupt the attachment of L/P to its template. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pdm.cif.gz | 76.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pdm.ent.gz | 55.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pdm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17614MC 8pdlC 8pdnC 8pdoC 8pdpC 8pdqC 8pdrC 8pdsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 11
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43576.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ヒトメタニューモウイルス) 株: CAN97-83 / 遺伝子: N / プラスミド: pOPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q6WBA1 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2091.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: E.coli RNA, co-purified with N. Due to mixed sequence, modelled as poly-C 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 250 mM NaCl | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 44.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: Please see publication for details | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C11 (11回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223321 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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