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- PDB-8pda: cryo-EM structure of Doa10 with RING domain in MSP1E3D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pda
タイトルcryo-EM structure of Doa10 with RING domain in MSP1E3D1
要素ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase DOA10
キーワードLIGASE / ERAD / Doa10 / March6 / TEB4 / retrotranslocation / ubiquitination / Ubc6 / sybody / SQLE / squalenemonooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


Doa10p ubiquitin ligase complex / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / ERAD pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum membrane ...Doa10p ubiquitin ligase complex / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / ERAD pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RING-variant domain / Zinc finger RING-CH-type profile. / Zinc finger, RING-CH-type / The RING-variant domain is a C4HC3 zinc-finger like motif found in a number of cellular and viral proteins. Some of these proteins have been shown both in vivo and in vitro to have ubiquitin E3 ligase activity. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase DOA10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Botsch, J.J. / Braeuning, B. / Schulman, B.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Doa10/MARCH6 architecture interconnects E3 ligase activity with lipid-binding transmembrane channel to regulate SQLE.
著者: J Josephine Botsch / Roswitha Junker / Michèle Sorgenfrei / Patricia P Ogger / Luca Stier / Susanne von Gronau / Peter J Murray / Markus A Seeger / Brenda A Schulman / Bastian Bräuning /
要旨: Transmembrane E3 ligases play crucial roles in homeostasis. Much protein and organelle quality control, and metabolic regulation, are determined by ER-resident MARCH6 E3 ligases, including Doa10 in ...Transmembrane E3 ligases play crucial roles in homeostasis. Much protein and organelle quality control, and metabolic regulation, are determined by ER-resident MARCH6 E3 ligases, including Doa10 in yeast. Here, we present Doa10/MARCH6 structural analysis by cryo-EM and AlphaFold predictions, and a structure-based mutagenesis campaign. The majority of Doa10/MARCH6 adopts a unique circular structure within the membrane. This channel is established by a lipid-binding scaffold, and gated by a flexible helical bundle. The ubiquitylation active site is positioned over the channel by connections between the cytosolic E3 ligase RING domain and the membrane-spanning scaffold and gate. Here, by assaying 95 MARCH6 variants for effects on stability of the well-characterized substrate SQLE, which regulates cholesterol levels, we reveal crucial roles of the gated channel and RING domain consistent with AlphaFold-models of substrate-engaged and ubiquitylation complexes. SQLE degradation further depends on connections between the channel and RING domain, and lipid binding sites, revealing how interconnected Doa10/MARCH6 elements could orchestrate metabolic signals, substrate binding, and E3 ligase activity.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase DOA10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6175
ポリマ－151,6081
非ポリマー3,0094
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5350 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area58840 Å2

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要素

#1: タンパク質 ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase DOA10 / RING-type E3 ubiquitin transferase DOA10


分子量: 151608.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SSM4, DOA10, YIL030C, YI3299.01C, YI9905.18C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40318, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / DOPC


分子量: 787.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-PX6 / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 647.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68O8P
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Doa10 with Ubc6 and sybody in MSP1E3D1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123143 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026407
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4728717
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0781065
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371049
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041077

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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