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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ozn | ||||||
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タイトル | In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, hexamer 2 localised reconstruction | ||||||
要素 | Gag polyprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / capsid / Gag / foamy virus / hexamer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Calcraft, T. / Nans, A. / Rosenthal, P.B. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: In situ cryoEM structures of PFV 著者: Calcraft, T. / Lindemann, D. / Rosenthal, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ozn.cif.gz | 241.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ozn.ent.gz | 175.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ozn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ozn_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ozn_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ozn_validation.xml.gz | 43.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ozn_validation.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8ozn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8ozn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17315 17309 17311 17312 17313 17314 17316 17317 17318 17319 17320 17321 17322 8ozhC 8ozjC 8ozkC 8ozlC 8ozmC 8ozpC 8ozqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70693.414 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1Q1N9V7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0352 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 52141 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 340192 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.5→3.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.867 / SU B: 9.977 / SU ML: 0.154 / ESU R: 0.429 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 142.312 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 8030 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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