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- PDB-8ozk: In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, ico... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8ozk
タイトルIn situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, icosahedral map
要素Gag polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid / Gag / foamy virus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gag polyprotein / : / : / Spumavirus gag protein, N-terminal / Spumavirus Gag polyprotein, conserved central domain / Spumavirus Gag polyprotein, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Calcraft, T. / Nans, A. / Rosenthal, P.B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Integrated cryoEM structure of a spumaretrovirus reveals cross-kingdom evolutionary relationships and the molecular basis for assembly and virus entry.
著者: Thomas Calcraft / Nicole Stanke-Scheffler / Andrea Nans / Dirk Lindemann / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal /
要旨: Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates ...Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates for gene and oncolytic therapies. Structural studies of PFV contribute to the understanding of the mechanisms of FV replication, cell entry and infection, and retroviral evolution. Here we combine cryoEM and cryoET to determine high-resolution in situ structures of the PFV icosahedral capsid (CA) and envelope glycoprotein (Env), including its type III transmembrane anchor and membrane-proximal external region (MPER), and show how they are organized in an integrated structure of assembled PFV particles. The atomic models reveal an ancient retroviral capsid architecture and an unexpected relationship between Env and other class 1 fusion proteins of the Mononegavirales. Our results represent the de novo structure determination of an assembled retrovirus particle.
履歴
登録2023年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_admin / pdbx_database_related / Item: _em_admin.last_update
改定 1.42024年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
B: Gag polyprotein
C: Gag polyprotein
D: Gag polyprotein
E: Gag polyprotein
F: Gag polyprotein
G: Gag polyprotein
H: Gag polyprotein
I: Gag polyprotein
J: Gag polyprotein
K: Gag polyprotein
L: Gag polyprotein
M: Gag polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)919,01413
ポリマ－919,01413
非ポリマー00
水00
1
A: Gag polyprotein
B: Gag polyprotein
C: Gag polyprotein
D: Gag polyprotein
E: Gag polyprotein
F: Gag polyprotein
G: Gag polyprotein
H: Gag polyprotein
I: Gag polyprotein
J: Gag polyprotein
K: Gag polyprotein
L: Gag polyprotein
M: Gag polyprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,140,863780
ポリマ－55,140,863780
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
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54generate(0.447209, 3.0E-5, 0.894429), (3.0E-5, -1, 1.9E-5), (0.894429, 1.9E-5, -0.447209)-147.60082, 863.97895, 238.79276
55generate(-0.638202, 0.262864, 0.723603), (0.262864, -0.809016, 0.525733), (0.723603, 0.525733, 0.447218)281.5495, 440.82087, -300.91125
56generate(-0.309008, -0.95106, 1.1E-5), (-0.95106, 0.309008, -1.6E-5), (1.1E-5, -1.6E-5, -1)976.34429, 709.37328, 864.00201
57generate(-0.447212, -2.0E-6, -0.894428), (-2.0E-6, -1, 3.0E-6), (-0.894428, 3.0E-6, 0.447212)1011.58945, 863.99952, 625.19574
58generate(-0.861802, -0.425323, 0.276401), (-0.425323, 0.308988, -0.850662), (0.276401, -0.850662, -0.447186)868.63263, 849.74279, 873.26529
59generate(-0.947215, 0.162457, -0.276391), (0.162457, -0.500007, -0.850647), (-0.276391, -0.850647, 0.447222)890.41638, 945.30124, 725.68084
60generate(-0.052773, -0.688186, -0.723612), (-0.688186, -0.500014, 0.525724), (-0.723612, 0.525724, -0.447213)1064.69477, 718.18992, 710.68394

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要素

#1: タンパク質
Gag polyprotein


分子量: 70693.414 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1Q1N9V7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻三角数 (T数): 13
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0352 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9REFMACモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 52141
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8156 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.89→686.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / SU B: 25.173 / SU ML: 0.335 / ESU R: 0.052
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS /
Rfactor%反射
Rwork0.32044 -
obs0.32044 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 145.507 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 17417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0150.01117755
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01616469
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8331.63824220
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.91.5438312
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.02552259
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg1.25710154
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg17.119102866
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0670.22843
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.0220462
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0060.023306
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it24.87113.5599075
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other24.86713.569075
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it37.14720.17911321
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other37.14620.18311322
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it29.26616.4218680
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other29.26416.4268681
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other44.59523.62812900
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined51.79318991
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other51.79218992
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.89→3.991 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.537 744714 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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