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万見
- PDB-8oud: Structure of the human neutral amino acid transporter ASCT2 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oud
タイトルStructure of the human neutral amino acid transporter ASCT2 in complex with nanobody 469
要素
  • Nanobody 469
  • Neutral amino acid transporter B(0)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Neutral aminoacid transmembrane transporter activity / ASCT2 / Complex / Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / L-aspartate transmembrane transporter activity ...glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / antiporter activity / amino acid transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein homotrimerization / RHOH GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / erythrocyte differentiation / basal plasma membrane / melanosome / virus receptor activity / signaling receptor activity / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Neutral amino acid transporter B(0)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Canul-Tec, J. / Reyes, N.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)771965European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Receptor-recognition and antiviral mechanisms of retrovirus-derived human proteins.
著者: Shashank Khare / Miryam I Villalba / Juan C Canul-Tec / Arantza Balsebre Cajiao / Anand Kumar / Marija Backovic / Felix A Rey / Els Pardon / Jan Steyaert / Camilo Perez / Nicolas Reyes /
要旨: Human syncytin-1 and suppressyn are cellular proteins of retroviral origin involved in cell-cell fusion events to establish the maternal-fetal interface in the placenta. In cell culture, they ...Human syncytin-1 and suppressyn are cellular proteins of retroviral origin involved in cell-cell fusion events to establish the maternal-fetal interface in the placenta. In cell culture, they restrict infections from members of the largest interference group of vertebrate retroviruses, and are regarded as host immunity factors expressed during development. At the core of the syncytin-1 and suppressyn functions are poorly understood mechanisms to recognize a common cellular receptor, the membrane transporter ASCT2. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human ASCT2 in complexes with the receptor-binding domains of syncytin-1 and suppressyn. Despite their evolutionary divergence, the two placental proteins occupy similar positions in ASCT2, and are stabilized by the formation of a hybrid β-sheet or 'clamp' with the receptor. Structural predictions of the receptor-binding domains of extant retroviruses indicate overlapping binding interfaces and clamping sites with ASCT2, revealing a competition mechanism between the placental proteins and the retroviruses. Our work uncovers a common ASCT2 recognition mechanism by a large group of endogenous and disease-causing retroviruses, and provides high-resolution views on how placental human proteins exert morphological and immunological functions.
履歴
登録2023年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral amino acid transporter B(0)
B: Neutral amino acid transporter B(0)
C: Neutral amino acid transporter B(0)
D: Nanobody 469
E: Nanobody 469
F: Nanobody 469
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,22821
ポリマ－211,2946
非ポリマー1,93415
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16230 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area62390 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Neutral amino acid transporter B(0) / ATB(0) / Baboon M7 virus receptor / RD114/simian type D retrovirus receptor / Sodium-dependent ...ATB(0) / Baboon M7 virus receptor / RD114/simian type D retrovirus receptor / Sodium-dependent neutral amino acid transporter type 2 / Solute carrier family 1 member 5 / Alanine Serine Cysteine Transporter 2


分子量: 56638.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A5, ASCT2, M7V1, RDR, RDRC / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15758
#2: 抗体 Nanobody 469


分子量: 13792.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 108分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of human ASCT2 with Nanobody 69COMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Alanine Serine Cysteine Transporter 2COMPLEX#11RECOMBINANT
3Nanobody 69COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Lama glama (ラマ)9844
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
22Homo sapiens (ヒト)9606HEK 293F
33Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM Hepes pH7.4, 100 mM NaCl, 5 mM L-Alanine, 0.05% DDS, 0.01% CHS.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHepesC8H18N2O4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
35 mML-alanineC3H7NO21
40.05 %Sucrose laurateC24H44O121
50.01 %Cholesteryl hemisuccinate tris saltC31H50O4C4H11NO31
試料濃度: 8.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 52.24 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4344
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2EPU2画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1モデル精密化
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2分類
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1346125
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 441100 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 77.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6GCT

6gct


PDB chain-ID: A / Accession code: 6GCT / Chain residue range: 43-489 / Pdb chain residue range: 43-489 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 33.73 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003512240
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.545216659
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04122040
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052070
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.11781782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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