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- PDB-8opl: Virus-like Particle based on PVY coat protein with T43C and D136C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8opl
タイトルVirus-like Particle based on PVY coat protein with T43C and D136C mutation with helical architecture encapsidating ssRNA
要素
  • Genome polyprotein (Fragment)
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / helical / VLP / ssRNA / Potyvirus / PVY
機能・相同性Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / RNA / Genome polyprotein
機能・相同性情報
生物種Potato virus Y strain NTN (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Kavcic, L. / Kezar, A. / Podobnik, M.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ7-7248 スロベニア
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: From structural polymorphism to structural metamorphosis of the coat protein of flexuous filamentous potato virus Y.
著者: Luka Kavčič / Andreja Kežar / Neža Koritnik / Magda Tušek Žnidarič / Tajda Klobučar / Žiga Vičič / Franci Merzel / Ellie Holden / Justin L P Benesch / Marjetka Podobnik /
要旨: The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid ...The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid nanoparticles. However, the potential of CPs of the wide-spread flexuous filamentous plant viruses remains to be explored. Here, we show that we can control the shape, size, RNA encapsidation ability, symmetry, stability and surface functionalization of nanoparticles through structure-based design of CP from potato virus Y (PVY). We provide high-resolution insight into CP-based self-assemblies, ranging from large polymorphic or monomorphic filaments to smaller annular, cubic or spherical particles. Furthermore, we show that we can prevent CP self-assembly in bacteria by fusion with a cleavable protein, enabling controlled nanoparticle formation in vitro. Understanding the remarkable structural diversity of PVY CP not only provides possibilities for the production of biodegradable nanoparticles, but may also advance future studies of CP's polymorphism in a biological context.
履歴
登録2023年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Genome polyprotein (Fragment)
Ab: Genome polyprotein (Fragment)
Ac: Genome polyprotein (Fragment)
Ad: Genome polyprotein (Fragment)
Ae: Genome polyprotein (Fragment)
Af: Genome polyprotein (Fragment)
Ag: Genome polyprotein (Fragment)
Ah: Genome polyprotein (Fragment)
Ai: Genome polyprotein (Fragment)
Aj: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ak: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Al: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Am: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
An: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ao: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ap: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Aq: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ar: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
As: Genome polyprotein (Fragment)
At: Genome polyprotein (Fragment)
Au: Genome polyprotein (Fragment)
Av: Genome polyprotein (Fragment)
Aw: Genome polyprotein (Fragment)
Ax: Genome polyprotein (Fragment)
Ay: Genome polyprotein (Fragment)
Az: Genome polyprotein (Fragment)
Ba: Genome polyprotein (Fragment)
Bb: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bc: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bd: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Be: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bf: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bg: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bh: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bi: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bj: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bk: Genome polyprotein (Fragment)
Bl: Genome polyprotein (Fragment)
Bm: Genome polyprotein (Fragment)
Bn: Genome polyprotein (Fragment)
Bo: Genome polyprotein (Fragment)
Bp: Genome polyprotein (Fragment)
Bq: Genome polyprotein (Fragment)
Br: Genome polyprotein (Fragment)
Bs: Genome polyprotein (Fragment)
Bt: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bu: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bv: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bw: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bx: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
By: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Bz: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Ca: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Cb: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)848,11854
ポリマ－848,11854
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Genome polyprotein (Fragment)


分子量: 29925.891 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Potato virus Y strain NTN (ウイルス)
プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7DGZ0
#2: RNA鎖 ...
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Potato virus Y strain NTN (ウイルス)
プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Virus-like particles from PVY coat protein with T43C and D136C mutations
タイプ: COMPLEX
詳細: Monomorphic filaments with helical architecture and encapsidated RNA
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Potato virus Y strain NTN (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL221 (DE3) / プラスミド: pT7-7
緩衝液pH: 7.4
詳細: 1.8 mM KH2PO4, 10.1 mM Na2HPO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl, pH 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 461

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIX1.2モデル精密化
10RELION4.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC4.1３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND-4.1 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -40.997 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.005 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 195881 / 詳細: CrYOLO picking based on pre-trained neural network
3次元再構成解像度: 2.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141112
詳細: Final reconstruction was performed in CryoSPARC after Bayesian polishing of particles in RELION.
対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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