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- PDB-8opj: Global refinement of cubic assembly from truncated PVY coat prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8opj
タイトルGlobal refinement of cubic assembly from truncated PVY coat protein with K176C mutation
要素Genome polyprotein (Fragment)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / cubes / trCP / K176C / Potyvirus / PVY
機能・相同性Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / Genome polyprotein
機能・相同性情報
生物種Potato virus Y strain NTN (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Kavcic, L. / Kezar, A. / Podobnik, M.
資金援助 スロベニア, チェコ, 3件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ7-7248 スロベニア
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: From structural polymorphism to structural metamorphosis of the coat protein of flexuous filamentous potato virus Y.
著者: Luka Kavčič / Andreja Kežar / Neža Koritnik / Magda Tušek Žnidarič / Tajda Klobučar / Žiga Vičič / Franci Merzel / Ellie Holden / Justin L P Benesch / Marjetka Podobnik /
要旨: The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid ...The structural diversity and tunability of the capsid proteins (CPs) of various icosahedral and rod-shaped viruses have been well studied and exploited in the development of smart hybrid nanoparticles. However, the potential of CPs of the wide-spread flexuous filamentous plant viruses remains to be explored. Here, we show that we can control the shape, size, RNA encapsidation ability, symmetry, stability and surface functionalization of nanoparticles through structure-based design of CP from potato virus Y (PVY). We provide high-resolution insight into CP-based self-assemblies, ranging from large polymorphic or monomorphic filaments to smaller annular, cubic or spherical particles. Furthermore, we show that we can prevent CP self-assembly in bacteria by fusion with a cleavable protein, enabling controlled nanoparticle formation in vitro. Understanding the remarkable structural diversity of PVY CP not only provides possibilities for the production of biodegradable nanoparticles, but may also advance future studies of CP's polymorphism in a biological context.
履歴
登録2023年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
Aa: Genome polyprotein (Fragment)
Ab: Genome polyprotein (Fragment)
Ac: Genome polyprotein (Fragment)
Ad: Genome polyprotein (Fragment)
Ae: Genome polyprotein (Fragment)
Af: Genome polyprotein (Fragment)
Ag: Genome polyprotein (Fragment)
Ah: Genome polyprotein (Fragment)
Ai: Genome polyprotein (Fragment)
Aj: Genome polyprotein (Fragment)
Ak: Genome polyprotein (Fragment)
Al: Genome polyprotein (Fragment)
Am: Genome polyprotein (Fragment)
An: Genome polyprotein (Fragment)
Ao: Genome polyprotein (Fragment)
Ap: Genome polyprotein (Fragment)
Aq: Genome polyprotein (Fragment)
Ar: Genome polyprotein (Fragment)
As: Genome polyprotein (Fragment)
At: Genome polyprotein (Fragment)
Au: Genome polyprotein (Fragment)
Av: Genome polyprotein (Fragment)
Aw: Genome polyprotein (Fragment)
Ax: Genome polyprotein (Fragment)
Ay: Genome polyprotein (Fragment)
Az: Genome polyprotein (Fragment)
Ba: Genome polyprotein (Fragment)
Bb: Genome polyprotein (Fragment)
Bc: Genome polyprotein (Fragment)
Bd: Genome polyprotein (Fragment)
Be: Genome polyprotein (Fragment)
Bf: Genome polyprotein (Fragment)
Bg: Genome polyprotein (Fragment)
Bh: Genome polyprotein (Fragment)
Bi: Genome polyprotein (Fragment)
Bj: Genome polyprotein (Fragment)
Bk: Genome polyprotein (Fragment)
Bl: Genome polyprotein (Fragment)
Bm: Genome polyprotein (Fragment)
Bn: Genome polyprotein (Fragment)
Bo: Genome polyprotein (Fragment)
Bp: Genome polyprotein (Fragment)
Bq: Genome polyprotein (Fragment)
Br: Genome polyprotein (Fragment)
Bs: Genome polyprotein (Fragment)
Bt: Genome polyprotein (Fragment)
Bu: Genome polyprotein (Fragment)
Bv: Genome polyprotein (Fragment)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,073,30048
ポリマ－1,073,30048
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis, mass spectrometry, Molecular mass of the cubic particles was measured by mass photometry.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Genome polyprotein (Fragment)


分子量: 22360.424 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Potato virus Y strain NTN (ウイルス)
株: NTN / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7DIW7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: truncated coat protein (dN49C40) with C-terminal His tag and K176C mutation
タイプ: COMPLEX / 詳細: structurally homogenous cubic particles / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.315 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Potato virus Y strain NTN (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) / プラスミド: pET28a
緩衝液pH: 7.4
詳細: 1.8 mM KH2PO4, 10.1 mM Na2HPO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl, pH 7.4
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 9480
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択Blob picker
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正詳細: patchCTF correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1580128
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 210779 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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