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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ojg | ||||||
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タイトル | Structure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry) | ||||||
要素 |
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キーワード | LIPID TRANSPORT / Outer membrane / phospholipids / gram-negative bacteria | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / phospholipid binding / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.38 Å | ||||||
データ登録者 | Wotherspoon, P. / Bui, S. / Sridhar, P. / Bergeron, J.R.C. / Knowles, T.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of the MlaC-MlaD complex reveals molecular basis of periplasmic phospholipid transport. 著者: Peter Wotherspoon / Hannah Johnston / David J Hardy / Rachel Holyfield / Soi Bui / Giedrė Ratkevičiūtė / Pooja Sridhar / Jonathan Colburn / Charlotte B Wilson / Adam Colyer / Benjamin F ...著者: Peter Wotherspoon / Hannah Johnston / David J Hardy / Rachel Holyfield / Soi Bui / Giedrė Ratkevičiūtė / Pooja Sridhar / Jonathan Colburn / Charlotte B Wilson / Adam Colyer / Benjamin F Cooper / Jack A Bryant / Gareth W Hughes / Phillip J Stansfeld / Julien R C Bergeron / Timothy J Knowles / 要旨: The Maintenance of Lipid Asymmetry (Mla) pathway is a multicomponent system found in all gram-negative bacteria that contributes to virulence, vesicle blebbing and preservation of the outer membrane ...The Maintenance of Lipid Asymmetry (Mla) pathway is a multicomponent system found in all gram-negative bacteria that contributes to virulence, vesicle blebbing and preservation of the outer membrane barrier function. It acts by removing ectopic lipids from the outer leaflet of the outer membrane and returning them to the inner membrane through three proteinaceous assemblies: the MlaA-OmpC complex, situated within the outer membrane; the periplasmic phospholipid shuttle protein, MlaC; and the inner membrane ABC transporter complex, MlaFEDB, proposed to be the founding member of a structurally distinct ABC superfamily. While the function of each component is well established, how phospholipids are exchanged between components remains unknown. This stands as a major roadblock in our understanding of the function of the pathway, and in particular, the role of ATPase activity of MlaFEDB is not clear. Here, we report the structure of E. coli MlaC in complex with the MlaD hexamer in two distinct stoichiometries. Utilising in vivo complementation assays, an in vitro fluorescence-based transport assay, and molecular dynamics simulations, we confirm key residues, identifying the MlaD β6-β7 loop as essential for MlaCD function. We also provide evidence that phospholipids pass between the C-terminal helices of the MlaD hexamer to reach the central pore, providing insight into the trajectory of GPL transfer between MlaC and MlaD. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ojg.cif.gz | 235.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ojg.ent.gz | 182.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ojg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ojg_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ojg_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ojg_validation.xml.gz | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ojg_validation.cif.gz | 60.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16913MC 8oj4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19593.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mlaD, yrbD, b3193, JW3160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P64604 #2: タンパク質 | 分子量: 23989.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mlaC, yrbC, b3192, JW3159 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADV7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MlaCD (2:6 stoichiometry) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58259 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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