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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oix | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor Salinosporamid A | |||||||||
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![]() | HYDROLASE / Proteasome / 20S / Trichomonas vaginalis / covalently bound Salinosporamide A / Marizomib | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
![]() | Silhan, J. / Fajtova, P. / Boura, E. | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Tv20S proteasome in the complex with marizomib 著者: Silhan, J. / Fajtova, P. / O'Donoghue, A. / Boura, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 945.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 152.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 239 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16901MC ![]() 8p0tC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Family T1, proteasome alpha subunit, threonine ... , 4種, 8分子 AOBPFTGU
#1: タンパク質 | 分子量: 26511.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_267300 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2F568 #2: タンパク質 | 分子量: 25444.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_103780 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2FJV7 #6: タンパク質 | 分子量: 25682.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_206040 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2E1I9 #7: タンパク質 | 分子量: 27067.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_185200 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2D8G5 |
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-Proteasome subunit ... , 8種, 16分子 CQDRESHVJXKYLZMa
#3: タンパク質 | 分子量: 27989.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_058050 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2FT79 #4: タンパク質 | 分子量: 26306.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_340740 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2DTN3 #5: タンパク質 | 分子量: 27330.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_293540 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2FCM7 #8: タンパク質 | 分子量: 21930.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_127250 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2E7Z2 #10: タンパク質 | 分子量: 23028.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_286960 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2F3H9 #11: タンパク質 | 分子量: 21421.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_403280 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2F8W4 #12: タンパク質 | 分子量: 22572.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_013010 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2DD57 #13: タンパク質 | 分子量: 25001.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_152400 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2F716 |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 IWNb
#9: タンパク質 | 分子量: 26869.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_231360 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2F2T6, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 26486.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TVAG_290960 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2F3X4 |
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-非ポリマー , 1種, 4分子 ![](data/chem/img/SA1.gif)
#15: 化合物 | ChemComp-SA1 / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis タイプ: COMPLEX 詳細: Subunits beta 1 and beta 2 a covalently attached to protease inhibitor marizomib (Salinosporamid A) Entity ID: #1-#14 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.704 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7983 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2303719 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14257 / 詳細: Standard Homo Refine job in Cryosparc v4 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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