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万見
- PDB-8k8s: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k8s
タイトルF8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
要素
  • (DNA polymerase ...) x 2
  • DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
  • Uracil-DNA glycosylase E4
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / RECOMBINATION / REPLICATION / VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / DNA replication / Chem-HF4 / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase processivity factor
機能・相同性情報
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
DNA molecule (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Shen, Y.P. / Li, Y.N. / Yan, R.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0509301 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the inhibition mechanism of the DNA polymerase holoenzyme from mpox virus.
著者: Yaping Shen / Yaning Li / Renhong Yan /
要旨: There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is ...There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is recognized as a vital antiviral target because MPXV replicates in the cytoplasm of host cells. Nucleotide analogs such as cidofovir and cytarabine (Ara-C) have shown potential in curbing MPXV replication and they also display promise against other poxviruses. However, the mechanism behind their inhibitory effects remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the DNA polymerase holoenzyme F8/A22/E4 bound with its competitive inhibitor Ara-C-derived cytarabine triphosphate (Ara-CTP) at an overall resolution of 3.0 Å and reveal its inhibition mechanism. Ara-CTP functions as a direct chain terminator in proximity to the deoxycytidine triphosphate (dCTP)-binding site. The extra hydrogen bond formed with Asn665 makes it more potent in binding than dCTP. Asn665 is conserved among eukaryotic B-family polymerases.
履歴
登録2023年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase F8
B: Uracil-DNA glycosylase E4
C: DNA polymerase processivity factor component A20
E: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,4507
ポリマ－199,9425
非ポリマー5072
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA polymerase ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 DNA polymerase F8


分子量: 117045.055 Da / 分子数: 1 / 変異: D166A, E168A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 DNA polymerase processivity factor component A20


分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: A22R / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5IXP2

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#2: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase E4


分子量: 25107.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3518.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')


分子量: 5067.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)

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非ポリマー , 3種, 3分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-HF4 / 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one / Cytarabine-TRIPHOSPHATE


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 4 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 326139 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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