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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k3c | ||||||
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タイトル | Nipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Nipah virus / Attachment glycoprotein / tetramer complex / Neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Henipavirus nipahense (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, M.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Potent human neutralizing antibodies against Nipah virus derived from two ancestral antibody heavy chains. 著者: Li Chen / Mengmeng Sun / Huajun Zhang / Xinghai Zhang / Yanfeng Yao / Ming Li / Kangyin Li / Pengfei Fan / Haiwei Zhang / Ye Qin / Zhe Zhang / Entao Li / Zhen Chen / Wuxiang Guan / Shanshan ...著者: Li Chen / Mengmeng Sun / Huajun Zhang / Xinghai Zhang / Yanfeng Yao / Ming Li / Kangyin Li / Pengfei Fan / Haiwei Zhang / Ye Qin / Zhe Zhang / Entao Li / Zhen Chen / Wuxiang Guan / Shanshan Li / Changming Yu / Kaiming Zhang / Rui Gong / Sandra Chiu / 要旨: Nipah virus (NiV) is a World Health Organization priority pathogen and there are currently no approved drugs for clinical immunotherapy. Through the use of a naïve human phage-displayed Fab library, ...Nipah virus (NiV) is a World Health Organization priority pathogen and there are currently no approved drugs for clinical immunotherapy. Through the use of a naïve human phage-displayed Fab library, two neutralizing antibodies (NiV41 and NiV42) targeting the NiV receptor binding protein (RBP) were identified. Following affinity maturation, antibodies derived from NiV41 display cross-reactivity against both NiV and Hendra virus (HeV), whereas the antibody based on NiV42 is only specific to NiV. Results of immunogenetic analysis reveal a correlation between the maturation of antibodies and their antiviral activity. In vivo testing of NiV41 and its mature form (41-6) show protective efficacy against a lethal NiV challenge in hamsters. Furthermore, a 2.88 Å Cryo-EM structure of the tetrameric RBP and antibody complex demonstrates that 41-6 blocks the receptor binding interface. These findings can be beneficial for the development of antiviral drugs and the design of vaccines with broad spectrum against henipaviruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k3c.cif.gz | 244.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k3c.ent.gz | 197.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k3c_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k3c_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k3c_validation.xml.gz | 54.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k3c_validation.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k3c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36849MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22844.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151 |
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#2: 抗体 | 分子量: 25312.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151 |
#3: タンパク質 | 分子量: 52941.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH62 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of complex of attachment glycoprotein G with 41-6 Fab fragment タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9103 |
画像スキャン | 横: 4092 / 縦: 5760 |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 879898 |
3次元再構成 | 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 299497 / 対称性のタイプ: POINT |